（壹）辦公室。
綜合協調廳機關政務工作，擬訂廳機關各項工作制度；協調管理廳機關電子政務，負責文電處理、檔案管理、新聞宣傳、期刊管理、政務公開和信息發布；安排和組織本廳年度工作會議和其他綜合性會議；負責秘書事務、機要、政務信息和值班等機關日常運轉工作；負責重大衛生政策、重要政務工作和領導批示辦理事項的督促檢查；負責廳機關、廳直管單位和廳直屬單位的安全保密、綜合治理、計劃生育等工作，綜合協調安全生產監管工作；組織協調省人大代表建議、省政協委員提案的辦理工作；辦理人民來信來訪，指導衛生系統的信訪工作。
（二）人事處（科技教育處）。
擬訂全省衛生人才發展規劃和政策並組織實施；指導全省衛生事業單位人事制度改革，會同有關部門組織擬訂衛生機構編制標準及收入分配政策；負責廳機關、廳直管單位和廳直屬單位機構編制、人事任免、工資福利、衛生管理幹部崗位培訓、幹部援疆援藏，以及軍隊轉業幹部的安置工作；起草加強廳直屬單位領導班子和幹部隊伍建設的管理辦法並組織實施；負責全省衛生系統表彰獎勵工作；擬訂各類衛生專業技術人員資格標準，承擔醫療衛生專業技術人員職稱考試和評審工作；負責指導全省性醫療衛生社團組織業務工作。擬訂全省醫藥衛生科技發展規劃；統籌協調全省醫藥科研項目管理及科技成果的推廣應用工作；負責高新衛生技術臨床試驗研究監督管理工作；組織實施醫學衛生技術的標準研究和技術評估；承擔與人體健康有關的實驗室生物安全的監督管理工作；負責全省繼續醫學教育、畢業後醫學教育的組織管理工作；負責組織協調全省衛生專業技術崗位培訓；協同有關部門管理全省高等醫學教育自學考試工作；參與指導高、中等醫學教育工作；指導協調衛生科學普及工作。
（三）規劃財務處。
擬訂全省衛生事業中長期發展規劃和專業建設規劃，指導區域衛生規劃工作，統籌規劃與協調全省衛生資源配置；負責廳機關、廳直管單位和廳直屬單位規劃建設，以及財務和資產管理；提出衛生服務價格建議；負責提出本廳部門預算、中央、省財政轉移支付資金和基建投資及其他資金的安排意見與管理；擬訂衛生財務、會計、基建管理規章制度和標準並監督實施；擬訂全省各類醫療衛生機構建設標準和建設規劃，指導全省醫療衛生機構基礎設施建設；負責全省大型醫用設備的配置許可，組織監督實施衛生裝備的國家標準；協調監督國外衛生貸款在鄂的立項與實施工作；負責內部審計工作。
（四）政策法規與食品安全協調處。
組織協調衛生法律、行政法規、衛生標準的擬訂和呈報；負責部門規章、衛生執法中有關法律問題的解釋及衛生法制宣傳教育和執法人員培訓工作；負責綜合性衛生政策研究、起草重要會議文件、講話材料、政策研究報告；擬訂全省衛生改革發展措施；承擔廳機關規範性文件的審核工作；負責衛生行業法律事務及行政復議和行政應訴工作；指導和規範衛生行政執法工作；指導地方衛生政策、衛生法制、衛生標準工作。承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的具體工作。
（五）疾病預防控制處（省衛生應急辦公室、省愛國衛生運動委員會辦公室）。
擬訂重大疾病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公***衛生相關疾病的防治規劃、國家免疾規劃並組織實施；擬訂全省疾病控制機構建設規劃和基層防保組織工作規範並組織實施；指導和協調全省公***衛生體系建設；承擔法定傳染病疫情報告管理工作。依法承擔有關突發公***衛生事件應急處理工作；對重大突發疫情、病情實施監測和緊急處置；組織擬訂有關突發公***衛生事件應急處理和緊急醫學救援的規劃、預案；組建與完善突發公***衛生事件監測和預警系統；負責衛生應急隊伍的管理和培訓演練；指導各地實施突發公***衛生事件預案，幫助和指導各地應對其他突發事件的傷病救治工作；組織救災、反恐、中毒、放射事故等重大安全事件中涉及公***衛生問題的緊急醫療救援工作；組織協調全省有關重大工程和重大活動的衛生防病保障和衛生應急處置工作。承擔省愛國衛生運動委員會的具體工作，負責農村改廁和農村飲水安全工程的水質監測工作；負責組織、協調、督促有關部門***同開展愛國衛生運動，擬訂全省愛國衛生運動規劃、標準並組織實施；負責衛生城市、衛生城鎮、衛生鄉村、衛生先進單位的建設和考核工作；指導開展除害防病活動。承擔省防治艾滋病工作委員會的具體工作。
（六）農村衛生管理處。
擬訂全省農村衛生發展規劃，提出有關政策建議，承擔綜合管理農村基本衛生保健和新型農村合作醫療工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；參與規劃並指導全省農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；收集、分析農民健康狀況信息，檢查農村重要衛生政策實施落實情況；會同有關處室擬訂涉及公***衛生、基本醫療和人才培養等規劃，並指導實施。
（七）婦幼保健與社區衛生處。
擬訂全省婦幼衛生、社區衛生、健康教育工作發展規劃和政策措施，依法組織管理婚前醫學檢查、衛生指導與衛生咨詢；依法對婦幼保健和生殖健康專項技術、計劃生育服務實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；指導和協調全省婦幼保健服務機構建設和業務工作；配合有關部門擬訂計劃生育技術衛生標準和業務指導工作；規劃指導城市社區衛生服務體系建設。
（八）醫政醫療服務監管處（湖北省國防動員委員會醫療衛生辦公室）。
擬訂醫療機構、血站和醫務人員管理的有關法律、法規、規章、政策並組織實施；擬訂全省醫療機構的發展規劃和管理辦法；負責醫療機構設置審批、執業許可註冊登記；監督實施醫療機構的國家技術標準、醫務人員職業道德和服務規範；擬訂護理管理的法規、規章、標準政策並指導實施，擬訂臨床重點專科建設的規劃、標準、政策並指導實施；負責臨床藥學管理工作；組織對全省重大醫療事故、醫療糾紛的調查處理；指導協調全省醫療救治體系建設；依法監督管理全省采供血工作；負責全省臨床檢驗工作。承擔醫療機構醫療質量、服務質量的監督管理。組織擬訂醫療機構醫療服務監督管理辦法和實施方案並組織實施；擬訂醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作；承擔推進公立醫院管理體制改革工作；負責全省醫療廣告的前置審批。承擔國防醫療動員工作。
（九）基本藥物管理處（省公費醫療管理委員會辦公室）。
貫徹國家基本藥物制度及政策；擬訂全省基本藥物的采購、配送、使用的政策措施；會同有關方面提出全省基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策；提出全省基本藥物價格政策的建議；會同有關部門做好基本藥物的招標采購工作，負責組織對基本藥物制度實施的監測。負責省直單位公費醫療的監督管理工作，協同有關部門做好城鎮職工基本醫療保險制度改革工作。
（十）中醫藥管理處（對外使用“湖北省中醫藥管理局”名稱）。
擬訂全省中醫藥事業發展規劃並組織實施；擬訂全省中醫藥工作的管理辦法、規章和技術標準，指導全省中醫醫療機構的改革；指導全省重點中醫院和中醫服務體系建設，負責中醫機構的審核、執業登記及業務指導，會同有關部門實施中醫執業資格許可制度；組織擬訂中醫執業人員職業道德規範；負責全省中醫藥、民族醫藥、中西醫結合科研工作。
（十壹）對外交流合作處。
組織指導全省醫療衛生方面的政府與民間的雙邊、多邊對外合作交流，組織參與國際組織倡導的有關衛生方面的重大活動；組織協調與世界衛生組織及其他國際組織在醫學衛生領域的交流與合作；負責組織和管理醫務對外技術、勞務輸出與合作；負責援外醫療隊的組建、培訓、派遣和在境外的聯絡管理工作；負責承辦廳機關及直屬單位各類人員的出國（出境）手續。
（十二）省血吸蟲病防治領導小組辦公室。
擬訂全省血吸蟲病防治工作的政策和規章；擬訂全省血吸蟲病防治的中長期規劃和年度計劃並組織實施；協調各有關部門開展血吸蟲病的綜合防治工作，督促指導各市州血吸蟲病的綜合治理、科學防治工作；組織對消滅或控制血吸蟲病達標縣（市、區）的考核鑒定，管理血吸蟲病防治的監測工作。
（十三）省委保健委員會辦公室。
負責中央領導在鄂的醫療保健和省委保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作；負責全省重大會議和重大活動的醫療保健工作；負責高級外賓、高級專家在漢的醫療安排；負責省直機關、事業單位副廳級以上幹部的醫療保健工作；定期組織省直保健對象及有關人員的健康體檢，負責辦理省直保健對象的醫療證明和轉診手續。
機關黨委負責廳機關和直屬單位的黨群工作。設立機關黨委辦公室，承擔機關黨委的日常工作。
紀檢監察機構按有關規定設置。
離退休幹部處負責廳機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。