1、辦公室辦公室
擬訂局機關及系統年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草、審核有關文件、報告，負責本單位政務督查工作；負責會議組織、文秘、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、外事工作；負責稅收宣傳工作；負責組織稅收調研、學術和科研工作；負責稅收宣傳工作。組織稅收科研、學術交流和科技成果鑒定、評選、推廣、獎勵工作；制定辦公規章制度；指導辦公自動化工作；辦理人大代表建議和政協委員提案；協助局領導綜合協調有關工作。
2、政策法規科政策法規科
開展稅收政策調查研究，跟蹤反饋執行情況；負責稅收規範性文件的會簽和涉稅文件的備案；承擔稅收法律法規的清理、鑒定和文件匯編工作；承擔重大稅務案件的審理工作，開展稅務稽查案件的復查工作；負責稅收執法責任制和稅收執法檢查工作；辦理稅務行政工稅執法責任制和稅務稽查工作；辦理稅務行政處罰聽證、稅務行政復議、訴訟、賠償等涉稅法律事務；綜合管理行政許可審批工作；負責普法和宣傳教育工作。
3.流轉稅管理科
負責增值稅、消費稅、車輛購置稅、營業稅的征收管理和稅收征管工作；貫徹執行流轉稅法律、法規，並對執行情況進行監督檢查；負責制定全區流轉稅征收管理的具體實施辦法；管理增值稅專用發票；負責增值稅防偽稅控的宣傳和管理工作；負責增值稅、消費稅、車輛購置稅等涉稅法律事務的執行。負責增值稅、消費稅、車輛購置稅、營業稅等稅種的日常稽核檢查工作。負責進出口稅收政策和管理辦法的貫徹執行和日常監督檢查；負責出口貨物退（免）稅審批和年終清算；負責出口貨物退（免）稅信息管理系統的推廣應用；配合有關部門組織實施出口貨物退（免）稅檢查；負責出口貨物退稅計劃的分配和實施。
4.所得稅管理科
負責企業所得稅、儲蓄存款利息個人所得稅等稅種的征收管理和稅收征管的實施與執行；負責制定本地區所得稅征收管理的具體辦法；負責組織企業所得稅的日常檢查工作；負責城市商業銀行、城鄉信用社金融系統的管理工作；負責所得稅政策管理及稅收政策的執行和日常管理；負責所得稅的執行和日常管理；負責所得稅政策的執行。執行和日常管理的監督管理、考核檢查。負責稅收協定執行、反避稅執行、非居民稅收管理、信息交換、國際稅收管理合作等國際稅收事項的管理；負責涉外企業稅收政策的管理及執行情況的監督檢查和日常管理工作。
5.征收管理科
組織實施綜合性稅收征收管理法律、法規和規章，研究制定綜合性稅收征收管理制度和辦法；指導稅務登記管理、征管質量考核、納稅申報和納稅信息工作；負責指導和規範優化納稅服務工作；負責指導、監督、考核稅源管理相關工作；負責普通發票管理工作；指導個體工商戶稅收政策管理工作並監督檢查執行情況和日常管理工作。普通發票管理；指導個體工商戶、集貿市場的稅收征收管理工作；負責組織推廣應用征管軟件和增值稅防偽稅控以外的稅控器具；負責對稅務代理工作的監督、管理和指導。
6、計劃統計科
負責組織收入工作的指導、協調；負責稅收計劃管理工作；負責稅收會計統計信息數據的匯總、整理；組織、檢查稅款征繳和入庫、出庫工作；負責稅源信息的調查計算、稅收分析預測工作；負責重點稅源監控管理工作；負責稅收票證管理工作。
7、財務管理科
負責本系統、本級機關的經費、財務工作；負責本系統基本建設、設備資產管理工作；組織內部審計、離任審計和政府采購工作。
八、人事教育科
研究並執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查工作；負責本系統思想政治工作、精神文明建設和基層建設工作；負責教育培訓管理工作。
離退休幹部管理辦公室。負責機關離退休幹部管理服務工作，指導本系統離退休幹部管理服務工作。
9、監察室。監察室
負責監督檢查本系統各級國稅機關和工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針政策以及有關法律、法規和政策的情況；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責本級幹部職工信訪舉報的查處工作，負責本系統違法違紀案件和大案要案的查處工作。查處工作。
黨委辦公室。負責局機關和直屬機構、事業單位的黨務、紀檢、工會、****、共青團、婦聯工作；負責局機關思想政治工作和黨群工作。1.運城市國家稅務局稽查局
負責組織、指導、協調、監督本系統的稅務稽查工作；負責年度計劃確定的重點行業和稅收違法案件的檢查處理；組織實施稅務稽查規章制度，並制定具體實施辦法；負責稅務舉報案件的受理、移送、查處工作；對下級稅務檢查進行復查復核；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務檢查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
運城市國家稅務局稽查局為非全額撥款局，正科級建制。內設機構5個，分別是綜合選案科、稽查壹科、稽查二科、案件審理科、案件執行科，均為正科級單位。
2、運城市國家稅務局直屬稅務分局
負責轄區內的稅收征管、稅源管理和納稅服務工作。具體負責稅務登記和認定、申報審批、納稅申報受理和審核、稅款征收、催報催繳、逾期申報和繳納處理、計劃、會計統計、發票和稅收管理、戶籍管理、稅源調查、稅源監控、重點稅源管理、數據采集分析、納稅評估、壹般違章處理、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務等工作。
機構設置
運城市國家稅務局直屬稅務分局為非全額職能局，正科級建制。內設機構5個，分別是綜合科、計劃征收科（對外稱辦稅服務廳）、綜合業務科、稅源管理科、稅源管理科，均為正股級。1.運城市國家稅務局經濟技術開發區稅務分局
運城市國家稅務局經濟技術開發區稅務分局為非正局級建制，副處級建制。內設機構6個，分別是綜合科、計劃征收科（稱辦稅服務廳）、綜合業務科、稅源管理科、稅源管理科、稅源管理科、稅源管理科，均為副科級建制。
二、運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局
運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局與絳縣國家稅務局合並設置。其職責與縣（市、區）國家稅務局相同。
三、運城市國家稅務局風陵渡經濟技術開發區稅務分局
運城市國家稅務局風陵渡經濟技術開發區稅務分局與芮城縣國家稅務局合署辦公。運城市國家稅務局下設三個事業單位，分別是信息中心、機關服務中心和票務中心：信息中心、機關服務中心、票證中心，均為正科級。
1.信息中心
組織信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡和涉稅信息綜合數據庫；負責稅收數據質量評估和稅收數據的分析利用；參與組織應用軟件的開發和稅控器具的推廣、應用及技術培訓；負責計算機設備的維護、維修、調配和管理。
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2、服務中心
制定機關後勤服務和行政事務的規章制度並組織實施；負責機關後勤服務的組織管理；負責機關綜合治理工作；負責機關辦公用品的采購、保管、發放和維修；負責機關財產管理、安全保衛和醫療保健工作。
3、票證中心
負責完稅證（票）、普通發票及其他有關票證的印制、發放和保管。運城市國家稅務局按行政區劃設置13個縣（市、區）國家稅務局。
1.絳縣國家稅務局與運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局壹套人馬、兩塊牌子，為全局職能建制的副科級局，下設行政機構、直屬事業單位、派出機構，其職責見運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局。
2.芮城縣國家稅務局和運城市國家稅務局風陵渡經濟技術開發區稅務分局，壹套人馬、兩塊牌子，為副科級建制的正科級局，其行政機構、直屬機構、派出機構、事業單位及其職責見運城市國家稅務局風陵渡經濟技術開發區稅務分局。
3.其余11個縣（市、區）國家稅務局均為正科級全職能局。即即：鹽城市鹽湖區國家稅務局、永濟市國家稅務局、河津市國家稅務局、臨邑縣國家稅務局、新絳縣國家稅務局、稷山縣國家稅務局、聞喜縣國家稅務局、夏縣國家稅務局、平陸縣國家稅務局、萬榮縣國家稅務局、垣曲縣國家稅務局。