辦公室負責文電、會務、機要、檔案、後勤保障工作；承擔文件起草和電子政務、政務公開、保密、宣傳、信息、信訪、督查、社會治安綜合治理、外事等工作。
運輸管理辦公室(出租汽車行業指導辦公室) 承擔全市道路、水路運輸市場監管責任；擬訂相關政策、制度和標準並監督實施；負責與有關部門建立綜合運輸體系協調配合機制；承擔涉及綜合運輸體系的標準協調工作；指導全市運輸線路、營運車輛、交通樞紐、運輸場站等管理工作；參與擬訂物流業（港口物流園區）發展有關政策和標準；指導車輛維修、營運車輛綜合性能檢測、機動車駕駛員培訓機構和駕駛員培訓管理工作；負責全市道路危險貨物運輸從業人員管理工作；承擔指導城市公***交通運營及出租汽車、汽車租賃、道路客貨運、汽車出入境運輸管理等工作。
法規科技科宣傳貫徹執行國家和省有關交通運輸工作的法律、法規、規章和方針、政策，承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；參與起草全市相關規範性文件。制定行業培訓規劃並指導監督行業行政執法工作，承辦行政復議和行政應訴；組織開展政策研究；指導全市交通運輸行業有關體制改革工作。擬訂實施全市交通運輸行業科技、信息化政策並監督實施；組織協調有關重大科技項目研究；承擔有關標準、質量和計量工作；指導交通運輸行業節能減排工作。
綜合規劃科會同有關部門組織制定全市綜合運輸體系規劃，承擔有關協調工作；組織擬訂公路、水路、運輸樞紐發展戰略和規劃，參與擬訂物流業(含港口物流園區)發展戰略和規劃；承擔有關規劃和建設項目的審核工作；提出國家、省、市有關專項資金投資政策和資金安排建議並監督實施；承擔或參與全市公路、水路工程設計審批；擬訂公路、水路建設和維護相關技術標準；承擔公路標誌標線管理工作；承擔有關環境保護、利用外資、統計信息工作。
財務科擬訂全市交通運輸行業有關投融資政策；承擔專項資金、預決算、政府采購、外資、信貸有關工作；承擔機關和直屬單位財務及資產監管、內部審計工作。
人事勞動科承擔機關和直屬單位的幹部人事、機構編制管理工作，監督指導直屬單位的勞動保護工作；指導全市交通運輸行業人才隊伍建設工作；承擔有關智力引進工作。
建設管理科承擔全市公路、水路建設市場監管責任；擬訂公路、水路建設、維護相關政策、制度；負責公路、水路建設、維護相關政策、制度、技術標準的監督實施；承擔全市交通重點公路、水路等工程施工許可、實施監督和竣工驗收工作；指導農村公路建設、維護工作。
安全監督科(應急辦公室) 組織擬訂全市道路、水路安全生產政策和應急預案；指導有關安全生產和應急處置體系建設並監督實施；承擔有關道路、水路運輸企業安全生產監管工作；依法組織或參與有關事故調查處理工作；組織協調國家和省、市重點物資運輸和緊急客貨運輸。
路政管理科(市車輛超限超載治理工作辦公室) 擬訂公路路政相關政策、制度和技術標準並監督實施；負責全市高速公路、國家和省幹線公路、農村公路路政管理以及超限超載運輸治理工作；承擔高速公路及重要幹線公路運行監測和協調，參與實施交通管制；指導公眾出行路況信息服務和咨詢工作；提出全市公路收費站點設置、收費標準、收費期限的建議，經省、市政府批準後監督實施；組織實施綠色通道、搶險救災、農機跨區作業等通行費減免工作。
機關黨委負責機關及直屬單位的黨群、精神文明建設和計劃生育工作。
離退休幹部科負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。