在菜籽油中，有兩種有害成分，即芥酸和硫代糖苷。以前，菜籽油有壹種特殊的味道--"菜籽油味"，其實這種味道主要是由硫代糖苷降解產生的，壹般認為是芥酸對心肌的損害和芥酸在體內代謝不完全所致。動物攝入大量芥酸後，體內器官來不及將其完全分解，過多的芥酸就會沈積在心肌等處，引起心肌病變。
油菜籽也是極易受黃曲黴毒素汙染的壹類油料作物，如油菜籽剛收獲時未充分曬幹後續黴變的幾率較大，遭受黃曲黴毒素汙染。黃曲黴菌在營養豐富和濕熱的環境中最容易感染，有人說吃菜籽油可能對身體不好，是由於菜籽油的煙霧比較大，也就是說用菜籽油炒菜，可能比其他油炒菜煙霧更大，所以很多人覺得可能吃菜籽油會對身體不好。高脂肪飲食本身就會制約動物的健康，導致體重增加、肝脂肪變性、胰島素抵抗、心臟效率降低、缺血再灌註造成的心肌損傷加重等問題。
這種毒素在食物中仍然很常見，但如果劑量過大，就會對人體造成極大的危害，畢竟它本身就是壹種致癌物質。因此，在平時榨油時，壹定要註意油菜籽是否有黴變現象。無論是菜籽油、花生油還是大豆油，長期使用任何壹種單壹的油脂對身體都不太好。因此，所謂 "常吃菜籽油不好 "這種說法並不是因為菜籽油的質量問題。