主治寒暑濕熱，感冒發熱，頭痛，胸脘痞悶，嘔吐泄瀉，瘧疾，痢疾，口臭。
①《北陸》：治風水毒腫，除口臭，療霍亂，心痛。
②《本草綱目》：治脾胃嘔吐，為上藥。
③"珍珠囊"：補衛氣、和胃氣，入飲食，治嘔吐霍亂。
4《湯液本草》：溫中快氣。
肺虛寒，上焦壅熱，飲酒口臭，煎湯漱口。
5《本草綱目》：散寒濕、暑濕、郁熱、濕熱。
治外感風寒，內傷飲食，或飲食傷寒濕，山嵐瘴氣，不伏水土，寒熱作瘧等癥。
6《本草再新》：解表散邪，利濕祛風，清熱止渴。
主治嘔吐霍亂、瘧疾、痢疾、疥癬。
梗：治喉痹，化痰止咳。[編輯本段]用法用量 內服：煎湯，1.5～3錢；或入丸、散。
外用：水煎漱口；或炙性研末調敷 [編輯本段]用藥禁忌 ①《本草經疏》：陰虛火盛，胃弱欲吐及胃熱嘔吐，中焦火熱，溫病熱病，陽明胃家邪吐脹，法並禁用。
②《本經逢原》：其莖能耗氣，用者試之。[編輯本段]臨床使用 1.治療夏季腹瀉 藿香、白術、檳榔各1000g，厚樸600g，黃連300g，木香500g，地錦草3000g.加水80～100L，浸泡1小時，煎至25ml，放涼，分裝瓶內。成人每次100ml，開水沖服，輕者壹日2次，重者壹日3次。惡心嘔吐嚴重者，可少量服用，每次30～50毫升，頻頻吞服，每日6～10次，或加姜汁數滴。兒童酌減。治療128例，顯效74例，有效46例，無效8例。壹般服藥後1天即可見效。[中醫雜誌》1983；（8）：40]
2.治療中焦濕熱證 焦藿香、陳皮、茯苓各15g，砂仁、厚樸、半夏、檳榔、黃芩各10g，柴胡12g，水煎服，每日1劑。治療 32 例，全部治愈。平均服 9 劑。[中原醫學雜誌 1990；17（3）：31]
3.治療疰夏皮炎 藿香、青蒿、黃柏、苦參、地骨皮各9g，水煎服。治療60例，1個療程後（7天為1個療程），痊愈30例，顯效9例，無效12例。浙江中醫雜誌 1985；（6）：374]
4.治療嬰幼兒腹瀉 a.藿香、蒼術各6克，野麻草15克，車前子9克，厚樸、陳皮各4克，甘草粉3克，生姜3片，大棗5～7枚。水煎服。治療 112 例，全部治愈。[b. 藿香、紫蘇各 4g，蒼術、厚樸各 6g，砂仁 3g，雲苓 9g，車前子 6g。水煎服。治療 36 例，治愈 25 例，好轉 8 例，無效 3 例。療效優於對照組。[河南中醫 1990；（4）：37]
5．治療急性卡他性結膜炎 藿香正氣水15～30g，水煎服，每日1劑，早晚各服1次。如發病3～4天，炎癥較重，可加白茅根30g，同煎服。治療病毒性傳染性結膜炎患者34例，治愈31例，無效3例。[福建醫學雜誌 1976；（1）：28] [編輯本段] 方選 1.治療霍亂吐瀉：陳皮（去白）、藿香葉（去土）。上藥等分，每服五錢，水壹盞半，煎至七分，溫服，不拘時候。(《百壹選方》回生散)
2.治瘧疾：高良姜、藿香各半兩。上為末，分作四服，每服以水壹碗，煎至壹盞，溫服，未定再服。(雞峰普濟方》藿香散）
3.治胎氣不安，氣不升降，吐酸水：沈香、藿香、甘草各二錢。為末，每服二錢，入鹽少許，煮湯調服。(太平聖惠方》）配伍效用：藿香配白術藿香和胃化濕止嘔；白術健脾益氣。二者配伍具有健脾益氣、化濕和胃的功效，用於治療脾胃虛弱所致的神疲乏力、嘔吐泄瀉等癥。
藿香與半夏合用，藿香燥濕醒脾，寬中理氣，和胃止嘔；半夏燥濕化痰，和胃止嘔。二者合用可祛除脾胃寒濕，止嘔吐，用於治療寒濕內阻所致的脘腹脹滿、惡心、嘔吐、泄瀉等癥。藿香芳香溫散表邪、化內濕、醒脾開胃、止嘔吐；天竺黃芳香辛散、醒脾化濕、解暑。二者合用，清熱利濕解暑，和胃醒脾的功效更為突出，適用於治療夏季中暑，濕邪中阻，胃失和降所致的倦怠乏力、胃脘痞滿、惡心嘔吐、口中黏液等癥狀。
藿香與檀香合用，藿香化濁止嘔；檀香溫中行氣，安胎。兩藥合用，具有溫中理氣、止嘔安胎的功效，用於治療妊娠惡阻或氣滯脘悶、胃腸功能不佳等癥。
禁忌癥："陰虛火盛，胃虛嘔吐，胃熱嘔吐，中焦火熱，溫病發熱，陽明胃家邪實，嘔吐脹滿，法並禁用"。(本草經疏》）毒副作用：臨床上曾有服用含藿香正氣水的中藥制劑引起過敏性皮疹的報道。