倉儲內部控制主要有物資驗收入庫、物資保管保養、物資盤點與記錄和物資出庫發放等環節。
物資驗收入庫
物資入庫時，首先接收人員應憑入庫通知單進行接收，核對入庫物資的名稱、規格、數量等。對外包裝破損的入庫物資，還應開箱清點。查驗時，發現入庫物資數量、規格、型號有差錯，或發現物資有損壞等情況，應在入庫通知單上註明後簽證，與有關人員及時聯系妥善解決。
其次，接收人員還應嚴把質量關，對入庫物資要嚴格檢查包裝上或送貨單上的檢驗合格證明，做到不合格或質量簽證不全的物資不入庫。對需檢驗的物資，在收料後當天要開列質量檢驗單送有關部門報驗。同時將未經檢驗的材料與經檢驗合格的材料或不合格的材料嚴格區別分開存放。只有在入庫物資數量清、規格清、型號清、質量合格後，方能簽收開具入庫單，並由驗收員和倉庫保管員在入庫單上簽字或蓋章確認。
物資保管保養
倉庫保管員對經檢驗合格的材料，應及時按規格，型號堆放在規定的地點。經常進行物資保養檢查，對於存放物資，必須定期進行防火防潮檢查，防止倉庫物資黴爛變質，保證質量完好。至少每月組織抽查壹次，作好抽查記錄，做到賬、卡、物三壹致。對存放物資的庫號、架、層、位四者統壹編號，和賬、卡上編號相統壹，方便庫區的管理。
如存貯的是貴重物品、危險品等特殊物品（金銀等貴金屬、易燃易爆化學品、麻醉藥品等），則需要限制無關人員接近。必要時，倉庫內部還可執行授權接近。采購部門采購的特殊物品，必須當天交倉庫保管員。經手的倉庫管理人員應將收到物質立即存放在保險箱（專庫）內，實行五雙制管理即雙把鎖、雙人管、雙人發、雙人收、雙人送。使用中特殊物品貫徹專材專用，結余繳庫的原則。嚴加控制，做到賬冊清楚，手續齊備。
物資盤點及記錄
保管人員應對所保管的物資加強盤點工作，每次收、發料後，應及時對這些材料的出入庫單進行登記。定期盤點，做好盤點記錄，分別報送財務部門和主管負責人備查。盤點中倉庫物資發生盤盈、盤虧，或發生損壞、變質、過期失效，不能正常使用的情況，應檢查分析原因，查明責任，采取措施。盈虧數經部門負責人確認後，要及時調整財務和倉庫的賬面數量，並同時報企業最高管理層處理。
物資出庫發放
各類物資壹律憑出庫憑證（領料單、提貨單等）發放，不得無證發放。保管人員發料時，要嚴格審核發料（貨）憑證，物資名稱、型號規格、物資編號、數量、核準人、領料（貨）人、領用日期等是否齊全。對生產制造部門外其他部門領用物資要填寫用途，如果不符要求，應提出補開或補填，否則不予發放。有限額計劃的制造部門，按照限額計劃數量發放，發料人員不得自行超計劃發料。對產品銷售出庫，還要註意提貨單有無財務專用章，否則不予提貨。倉庫人員壹律不得擅自動用倉庫物資，不得塗改領料憑證或為領用部門代開料單。經復查確認無誤，根據出庫憑證，及時辦理出庫手續，倉庫復核人員經復查確認無誤，填寫出庫單，並立即在庫存實物存卡上登記。登記時應字跡清楚，準確無誤。發現低於最低儲存備量時，應及時報警。對大批商品、貴重商品或危險品發出還應得到企業最高管理當局的特別授權批準。
會計記錄
1.財務人員根據入庫單、發票及時做好入庫的賬務處理，並根據存貨名稱、規格等記錄明細賬。
2.財務人員每月將出庫單與銷售發票記賬聯核對，並將核對無誤的數據結出當月銷售額，定期與倉庫核對庫存余額。
3.對盤點中發現的存貨盈虧情況應及時記賬，按權限批準後，及時調賬。