1、申請。申請人在相關政務系統中填報申請資料；
2、受理。對申請資料進行審查，對符合要求的出具受理通知書；
3、審核。受理後，由許可審查中心人員上門進行資料和現場審核；
4、審批。依據審核結果作出準予行政許可的審批決定；
5、發證。核發食品生產許可證，並全網公示許可信息。
辦理食品生產許可證所需的證件如下：
1、工商營業執照，到所在地工商行政管理局辦理工商營業執照；
2、健康證，到所在地疾病預防控制中心體檢並辦理健康證；
3、食品流通許可證，需帶上身份證及復印件、健康證、房屋產權證等資料到所在地食品藥品監督管理局辦理食品流通許可證；
4、食品生產加工小作坊許可證，到所在地食品藥品監督管理部門申請登記辦理。
辦理食品生產經營許可證需要以下條件：
1、食品經營許可申請書；
2、營業執照或者其他主體資格證明文件復印件；
3、與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件；
4、食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規章制度。
綜上所述，小作坊食品生產許可證辦理流程包括申請。申請人在相關政務系統中填報申請資料；受理。對申請資料進行審查，對符合要求的出具受理通知書；審核。受理後，由許可審查中心人員上門進行資料和現場審核；審批。依據審核結果作出準予行政許可的審批決定；發證。核發食品生產許可證，並全網公示許可信息。
法律依據：
《食品生產許可管理辦法》第十二條
申請食品生產許可，應當符合下列條件：
（壹）具有與生產的食品品種、數量相適應的食品原料處理和食品加工、包裝、貯存等場所，保持該場所環境整潔，並與有毒、有害場所以及其他汙染源保持規定的距離；
（二）具有與生產的食品品種、數量相適應的生產設備或者設施，有相應的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通風、防腐、防塵、防蠅、防鼠、防蟲、洗滌以及處理廢水、存放垃圾和廢棄物的設備或者設施；保健食品生產工藝有原料提取、純化等前處理工序的，需要具備與生產的品種、數量相適應的原料前處理設備或者設施；
（三）有專職或者兼職的食品安全專業技術人員、食品安全管理人員和保證食品安全的規章制度；
（四）具有合理的設備布局和工藝流程，防止待加工食品與直接入口食品、原料與成品交叉汙染，避免食品接觸有毒物、不潔物；
（五）法律、法規規定的其他條件。