目前有四種H2受體阻滯劑在臨床上廣泛應用，即西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁及尼紮替丁。
（2）質子泵抑制劑 質子泵抑制劑（PPI）通過非競爭性不可逆的對抗作用，抑制胃壁細胞內的質子泵，產生較H2受體阻滯劑更強更持久的抑酸效應。目前臨床上常用的此類藥物有奧美拉唑、蘭索拉唑和冸托拉唑。
（3）促動力藥 胃食管反流是壹種動力障礙性疾病，常存在食管、胃運動功能異常，H2RAS及PPI治療無效時，可應用促動力藥。促動力藥治療GERS的療效與H2RAS相似，但對於伴隨腹脹、噯氣等動力障礙癥狀者效果明顯優於抑酸劑。比如滅吐靈、多潘立酮、西沙必利、左舒必利、紅黴素等。
（4）黏膜保護劑 硫糖鋁作為壹種局部作用制劑，服用硫糖鋁對胃食管反流癥狀的控制和食管炎的愈合與標準劑量的H2RAS的療效相似。但亦有學者認為，硫糖鋁對胃食管反流無效。
鋁碳酸鎂能結合反流的膽酸，減少其對黏膜的損傷，並能作為物理屏障粘附於黏膜表面。現已在臨床上廣泛應用。
（5）其他藥物 現認為TLESR是造成反流的主要病理生理基礎，很多研究者正致力於尋找能降低TLESR的藥物用於治療胃食管反流。其中阿托品和嗎啡是最早針對TLESR的藥物。Baclofen有望成為胃食管反流治療的有效藥物。
（6）聯合治療 抑酸劑治療無效，且經食管測壓證實有食管動力異常的患者可試用促動力藥聯合抑酸劑治療。2～3級食管炎患者經西咪替丁聯合西沙必利治療後，癥狀的緩解及食管炎的愈合均較單用西咪替丁為佳。
3.並發癥的治療
胃食管反流常見的並發癥有食管狹窄、食管潰瘍、食管縮短及Barrett's食管等。對於輕微的食管狹窄，可以通過飲食限制及藥物（PPI）治療改善。短期單純性狹窄可以用Teflon擴張器治療（如Hurst—malonney），必要時可行支架置入治療。部分患者亦可行外科抗反流手術。
對於食管潰瘍，通常需要大劑量PPI和黏膜保護劑的治療。Barrett's食管是胃食管反流嚴重的並發癥。因其有惡變的可能，應進行內鏡隨訪及活檢以早期發現異型增生及腺癌。當患者有低度異型增生時，可采用大劑量的PPI治療。中重度異型增生或出現結節狀增生時可行內鏡下激光、電凝、離子凝固術甚至局部食管切除。