但食藥警察的設立，仍然面臨著諸多挑戰。食藥警察的刑事執法權有利於加大對食藥安全領域違法犯罪的打擊力度。但在實際工作中，警力不足是不可忽略的制約因素，如何利用好有限的警力資源實現對該領域的高效治理，有賴於警方與其他行政部門的密切合作。在食品藥品安全監管領域，衛生行政部門、食品藥品監督管理部門、質量監督檢驗檢疫部門、工商管理部門都承擔壹定的職責，如果沒有警方與各部門之間的有效合作機制，警方在人力資源和專業水平上的不足都會使設立食藥警察的效果打折扣。食藥警察壹定要有明確的職能分工，不要越權，也不要承擔非警務工作，主要針對涉嫌刑事犯罪的行為進行打擊，食藥監管日常工作屬於其他相關行政部門的職責。這就涉及到另外壹個問題，那就是各部門間的工作如何做到無縫銜接。
事實上，我國在食品、藥品安全方面的管理上，壹直都有多個部門在監管。質檢、藥監、工商等都擁有對食品和藥品安全的管理責任，再加上去年成立的國家食品藥品監督管理總局，可以看出，這方面的管理部門並不少。來自公安部的統計顯示，僅在2013年開展的“打擊食品犯罪保衛餐桌安全”專項行動中，各地公安機關就偵破食品安全犯罪案件3.4萬起。會同國家食藥監等部門，以利用互聯網制售假劣抗癌、抗腫瘤藥、血液制品、疫苗犯罪為重點，開展了打擊制售假劣藥品犯罪破案會戰，偵破假藥案件9700余起。在這份優異成績的背後，也可以看出，食藥亂象依然叢生。
現行的監管模式之下，食藥監、工商、質檢、衛生等部門壹般在行政管理和稽查中發現涉嫌犯罪的情況，可能會通報、移交給公安機關偵辦。但這些部門並不執行刑法，對案件是否構成刑事犯罪也不壹定清楚，“代刑”的現象怕不少見。以說，我國的食品藥品安全管理也是“九龍治水”的局面，同樣存在職能交叉、責權不清、推拉扯皮等現象。
在打擊食藥領域的違法犯罪活動過程中，涉及行政管理、稽查、發現線索，還涉及固定證據、抓捕人犯、起訴、審判等許多環節，公安機關只承擔其中的部分職能，全部工作需要多個機關、部門以及社會公眾的***同努力才能完成。
針對食品藥品違法偵查局成立後與現有國家食藥總局稽查局如何分工的問題，華敬鋒在發布會上表示，偵查局負責刑事執法，而稽查局負責行政執法，仍需兩部門通力合作，線索***享，行刑銜接。
中國食品藥品的安全問題存在多年，單靠增加警力、多偵辦壹些刑事案件，其主要起的是增加違法犯罪成本以及刑罰震懾作用，而不是從源頭上解決問題。源頭問題更多的依靠相關行政執法部門的日常監管工作，如果因為警察的積極介入而出現各部門權責不清、甚至責任推諉的現象，那治理效果就適得其反了。