王爾傑和趙萌蘭慘案發生當天，武漢市中***地下黨組織即派徐遠、劉實、陳克東等人到武大了解情況，傳達市工委對慘案的處理意見。武大學運核心組織負責人王爾傑、趙萌蘭、夏雨亭等根據市工委意見，決定從各進步團體抽出骨幹，建立秘密的臨時領導機構。此外，以學生自治會出面公開成立“武漢大學學生自治會‘六壹’慘案處理委員會”。國立武漢大學六壹屠殺慘案處理委員會還印制了《“六壹”屠殺慘案真相》，並組織了武漢大學赴京控訴代表團，通過各種渠道，將慘案真相傳遍全國。美國舊金山電臺也將慘案真相向全世界播發。
6月2日，武大學生自治會、教授會和講助會都分別發表宣言，抗議反動當局的暴行。並在《全體學生為“六壹”屠殺慘案宣言》中提出四項最低要求：
撤辦武漢行轅主任程潛，槍決警備司令彭善及肇事兇手。
立即釋放本校及武漢各校被捕教授、學生及工友。
公葬死難同學，政府負擔壹切費用；優恤死難同學家屬並賠償本校六壹慘案全部損失（包括受傷同學、被捕師生壹切物質及精神之損失）。
切實保障人權，並保證以後絕不派遣軍警或特務逕入學校非法捕人。
上午10時，華中大學、湖北省立農學院、湖北省立醫學院等校學生，不顧軍警威脅，壹隊隊佩帶白花、擡著花圈來到武大吊唁和慰問。下午4時，武大師生兩千人的迎靈行列自工學院（今行政樓）將死難三烈士的遺體，經理學院、老齋舍移送至體育館靈堂入殯。入殮典禮由代校長劉秉麟主祭，並即席簡短致辭。 國立武漢大學“六壹慘案”快郵代電門首的挽聯：
捕教授殺學生，四項諾言，無非是騙術；
求和平爭民主，壹條血路，齊心合力慰英魂。
靈堂前的挽聯：
兇手查兇手，兇手自唱自和，無恥；
同學哭同學，同學流血流淚，傷心。
武大全體學生敬獻的挽聯：
那邊高談人權，這邊捕殺青年，好壹部新憲法，嚇詐欺敲，殺、殺、殺，自由哄人，民主哄鬼；
只準大打內戰，不準呼籲和平，看三位親兄弟，犧牲慘痛，慘、慘、慘，萬方同哭，薄海同悲。
清華大學自治會敬獻的挽聯：
機槍掃射，軍警包圍，珞珈山竟成屠場，請看遍地鮮血，四項諾言何去？
四海同胞，人神***憤，清華園遙祭英魂，謹獻壹瓣心血，億萬青年繼後來。
武大南京校友會敬獻的挽聯：
囚教授，殺學生，槍桿橫行，說什麽愛護學府，獎掖文教；
哀法治，哭民主，文章無用，還是要堅強振作，奮力爭生。
繆朗山教授敬獻的挽聯：
黑夜正濃閑話和平皆有罪，
黎明未起暮然覺醒竟捐生。
珞珈山小販敬獻的挽聯：
妳們大學生尚被捕殺，
我等老百姓何堪生存。 體育館靈堂武漢各大中學校學生和市民主動前來吊唁的隊伍絡繹不絕，華北學聯為聲援武大決定罷課3天。清華、北大兩校反饑餓反內戰委員會組織罷課，並設祭壇遙祭武大死難三烈士。中央大學、金陵大學等校也舉行了追悼會。（上海）交通大學、同濟大學、暨南大學、上海醫學院、社教學院、北平交通大學、唐山交通大學、武大上海校友會、武大自貢校友會都紛紛來電慰問和聲援。來自臺灣臺南的林慧慶代表武大臺灣同學會發表《悼陳如豐君》，上海臺灣同學會和臺灣教育廳也發來唁電。以哲學系主任萬卓恒教授為主席的武漢大學教授會代表全校師生員工多次致電蔣介石、南京國民政府行政院和教育部，由於此事在國內引起強烈公憤，蔣介石恐怕事態進壹步擴大，兩次給武大教授會萬主席回電，被迫撤銷了武漢警備司令彭善的職務。6月4日，國民黨當局迫於政治與社會壓力，釋放了被捕師生。
6月16日，清華大學在大禮堂舉行追悼會。在三具令人慘不忍睹的屍體畫像兩邊有壹副對聯：主子提供達姆彈，奴才充當劊子手。上邊的橫批字體格外巨大：“黨國所賜”。祭壇兩側的墻壁上，掛滿了許多學生社團撰寫的挽聯：
屠夫斷頭日，烈士含笑時。
血，洗清眼睛；血，照亮大路；血，教訓未死；血，灌溉方生。
又是壹筆血債，留待壹起清算！
死了的，安息吧；傷了的，仇恨在生根。活著的，戰鬥在繼續！讓血，清算血債！讓死亡，迎接新生！
為抗議當局制造慘案而遊行6月22日，武漢大學舉行追悼六壹慘案死難烈士大會。次日為死難者出殯，在武昌、漢口市區擡棺遊行。三烈士安葬在張家山，1955年因張家山新建大學故將靈中的遺骨取出在寶塔寺火化後，移送武漢九峰山石門峰安葬。
1951年4月22日，制造六壹慘案的主犯裕昆、郝釗、牛俊斌、楊漢頤、胡揮血等11人被執行死刑。