主要稅種包括：企業所得稅、個人所得稅、增值稅、消費稅和關稅。
主要稅種和稅率
所得稅 國內公司按在菲律賓境內外的所有凈收入征稅；外國常駐公司（在菲律賓的時間超過 180 天）按在菲律賓賺取的凈收入征稅；非常駐外國公司按在菲律賓的總收入征稅。目前的公司所得稅稅率為應納稅金額的 35%，從 2009 年 1 月 1 日起將降至 30%。如果公司的應稅收入為零或負數，或者最低公司所得稅超過其普通公共所得稅應納稅額，則從公司成立的第四年起，公司可能需要繳納 2% 的最低公司所得稅。專業教育機構和非營利性醫院按應納稅凈收入的 10%征稅。
在菲律賓從事商業和貿易的居民、非居民、居民外國人和非居民外國人須按5%至32%的超額累進稅率繳納個人所得稅。在菲律賓不從事商業和貿易的外國人，其收入（如利息、投資收入）統壹按25%征稅。
增值稅（VAT） 根據第9337號修正案，自2006年2月1日起，增值稅稅率提高到12%，該修正案規定，所有交易的增值稅稅率不得超過12%。某些交易免征增值稅。免征增值稅的交易主要包括：農產品、水產品、種子、幼苗、魚苗、飼料、經認可的私立教育機構提供的教育服務、個人提供的服務、在合作發展局（CDA）註冊的農業合作社向其成員銷售的產品、直接用於農業投入的機械和設備（包括備件等）的進口，以及船艙、貨艙和飛機（包括發動機、設備和備件等）的銷售、進口或租賃。
消費稅主要針對在菲律賓生產和制造用於國內銷售或消費的特定商品（如香煙、酒類、機動車輛等）以及其他用途征收。消費稅也適用於壹些需要繳納增值稅（VAT）和關稅的進口商品。
比例稅 對免征增值稅的個人和實體，如從事國內或國際客運或娛樂業的個人和實體，將按其總收入征收比例稅（銷售稅）。
印花稅印花稅對文件、契約、證券、貸款協議以及責任、權力或資產轉讓的接收、簽署和出售證明征收。印花稅向制作者、簽署者、接收者或轉讓者征收。
地方稅收
《地方政府法》規定，地方政府有權對其管轄範圍內的某些特殊行為或業務征稅，但法律規定免稅的情況除外。地方政府還有權對不動產（如土地、建築物、機械和其他改良）以及不動產的出售、捐贈、易貨交易或任何其他形式的轉讓征收年度稅。但是，地方政府無權征收所得稅、關稅、印花稅、財產稅或贈與稅。
◆關稅政策
海關管理規章：
菲律賓進出口關稅的主要法律是《菲律賓關稅與海關法典》。進口關稅率由菲律賓關稅委員會制定和公布，出口關稅由海關局制定，並由海關通過授權的菲律賓中央銀行（BSP）征收。菲律賓對大多數進口產品征收從價關稅，但對酒精飲料、煙花、煙草制品、手表、礦物燃料、卡通、糖精和撲克征收從價關稅。根據《稅收法》，海關對汽車、煙草、汽油、酒精和其他非必需品征收進口消費稅。進口產品還需向菲律賓海關繳納 12% 的增值稅（VAT），稅率為海關評估價值加上關稅和消費稅。菲律賓還對進口商品征收印花稅，壹般適用於提單、提貨單、匯票、其他匯票、保險單、抵押契約、委托書和其他文件。
進口稅：菲律賓關稅和海關法典》將應課稅進口商品分為 21 類，進口稅壹般從 3% 到 30% 不等
。例如，可移動動物及其產品、新鮮蔬菜等。
菲律賓將在2010年實現對東盟成員國所有產品的零關稅。
出口關稅：菲律賓對以下出口商品征收關稅，稅率均為（ ）%。圓木、木材、飾面用單板和膠合板、金屬礦石及其精礦、黃金、礦渣水泥、矽酸鹽水泥；船用燃油、石油瀝青、白銀、未加工的ABACA（壹種原產於菲律賓的纖維生產植物）、香蕉、椰子和椰子制品、菠蘿及其成品、糖和糖制品、煙草、蝦和對蝦。
出口退稅：菲律賓關稅與海關法典》規定，對用於從事對外貿易沿海貿易的船舶推進器的燃油，可退還不超過99%的關稅，作為稅收抵免；用進口原材料（包括包裝、標簽等）生產或制造的產品出口時，應退還所用原材料進口時征收的關稅，或給予稅收抵免；財政部可根據海關局的建議，頒布法規，允許用進口原材料生產或制造的產品出口。根據海關總署的建議，財政部可頒布法規，允許對符合本法規定的貨物進行部分退稅。海關總署將在收到壹套正確完整的文件後 60 天內支付退稅。
◆投資稅收優惠
(1) 所得稅減免：新註冊的重點項目企業免征所得稅 6 年，傳統企業免征所得稅 4 年。擴建和升級項目免征所得稅3年，如果項目位於欠發達地區，則免征所得稅6年。
新註冊企業符合下列條件之壹的，還可享受1年的額外免稅優惠：
①本地生產的原材料占原材料總量的50%以上；
②進口和本地生產的固定設備價值與工人比例不超過1萬美元/人；
③開業3年內年外匯存款或收入達到50萬美元以上。
（2）從應納稅所得額中減除人工成本。
(3)用於制造、加工或生產出口商品的原材料減稅。
（4）從應稅收入中扣除必要和主要基礎設施的成本。
（5）減免進口設備相關材料和零部件的關稅。
（6）減免碼頭費和出口稅。
(7)自投資機構註冊之時起，免征 4 至 6 年的地方銷售稅。
非財政激勵措施：
（1）簡化海關手續；
（2）不受限制地使用托運設備：托運到菲律賓的設備被標記為可出口設備；
（3）使用保稅工廠系統；
（4）雇用外國公民：允許外國公民在註冊企業中擔任管理、技術和咨詢職務，期限為5年，經投資委員會批準可延長。總裁、總經理、財務主管或同等職位可留任更長時間。
行業激勵措施：菲律賓投資委員會每年都會根據2004-2010年菲律賓中期發展計劃（MTPP）制定投資優先計劃（IPP）表，列出菲律賓政府鼓勵投資的項目，以及有資格享受財政和非財政激勵措施的項目。
根據阿羅約總統簽署的第299號備忘錄令，最新的投資促進計劃於2009年5月發布，除了延續2008年投資促進計劃中確定的14項投資激勵措施（包括農業和漁業、基礎設施開發、旅遊、研發、機械設備和鋼鐵制造以及戰略投資活動）外，還重點關註創造就業機會。除了繼續實施《2008 年投資促進計劃》中確定的 14 個投資促進領域（包括農業和漁業、基礎設施發展、旅遊、研發活動、機械設備和鋼鐵制造、戰略投資、植樹造林、采礦、印刷和出版、石油、固體廢物處理、水凈化、殘疾人輔助設施和出口促進活動）外，該計劃還提出了壹項 "應急計劃"，針對受全球金融危機影響但仍能保持或擴大投資並保障員工就業的企業。對新上項目的企業和中小企業給予稅收和其他優惠政策，但也有壹些不在應急計劃範圍內的項目，包括：銀行和金融機構、零售業、服務業、小型采礦業、因安全、國防、衛生和道德風險而受到限制的活動、涉外中小企業、非農業基本消費品、保健品等。此外，棉蘭老穆斯林自治區（ARMM）還提供了壹份特殊領域清單，符合條件的企業也可在這些領域享受投資激勵措施。需要註意的是，其中壹些地區限制或禁止外商投資。
特殊經濟區激勵措施：菲律賓經濟特區（SEZs）主要包括由菲律賓經濟特區管理局（PEZA）管轄的96個各類經濟特區，以及獨立運營的菲菲代克工業區、蘇比克、卡加延、三寶欽和克拉克自由港等。這些經濟特區的激勵措施包括：
(1) 企業所得稅免稅期為四年，最長可延長至八年。在免稅期結束時，他們可以選擇繳納 5%的總所得稅，以代替所有的國家（中央）和地方稅，其中 3%上繳中央政府，2%上繳地方國庫；
（2）進口資本貨物（設備）、備件、配件、原材料、種畜或用於繁殖的遺傳物質，將免征進口關稅和其他稅費。同樣的物品，如果在菲律賓國內采購，則有資格享受稅收抵免（減稅），即
(3) 經批準，允許企業生產的30%的產品在菲律賓國內銷售，並按國內稅法征稅；
(4)免繳碼頭稅費和出口稅費；
(5)給予初始投資額在15萬美元或以上的投資者及其配偶和未成年子女（21歲以下）經濟區永久居民身份，他們可以自由進出經濟區，而無需另行向其他部門申請；
(6)簡化進出口手續；
(7)允許雇用外籍員工，並為外籍管理人員和技術人員簽發可延期2年的工作簽證，但外籍員工人數不得超過企業員工總數的5%；
(8)企業用於員工技術培訓和提高管理能力的費用的壹半可從上繳中央政府的3%稅款中扣除；此外，還可享受E.0.226 中規定的其他優惠待遇應由 PEZA 自行決定。
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