首先和轉移方式有關。通過化學和物理方法引入的基因效率低，天然表達差。選擇合適的受體細胞也是為了導入基因的穩定高效表達。骨髓是最常用的受體細胞。逆轉錄病毒載體介導的基因只能感染處於分裂狀態的細胞，因此用5-Fu處理細胞以增強細胞分裂，然後用含有目的基因的病毒顆粒感染細胞可能更好。因此，骨髓細胞培養、幹細胞純化和在培養中使用造血因子的方法可以增加基因的穩定和高效表達。
2.基因導入的安全性基因治療的安全性應確保不會因導入外源目的基因而出現新的有害遺傳變異，這是使用逆轉錄病毒載體所帶來的問題。因此，應構建相對安全的逆轉錄病毒載體。至於通過引起插入突變來使壹個重要基因失活或者更嚴重地激活壹個原癌基因的可能性，這個問題有多危險還不清楚，但目前為止的實踐表明，沒有明顯的嚴重問題。
為了安全有效地開展基因治療，任何方案的實施都要按照嚴格的技術規定和標準，經過有關行政部門的批準。
與安全性相關的是生殖細胞基因治療。雖然沒有在人身上實施，但是在動物實驗上已經成功，這就是轉基因動物的出現。這壹事實不僅給人類生殖細胞的基因治療帶來了希望，也讓人擔心這種基因特征的改變會給人類帶來幸福還是災難。所以很多科學家不僅謹慎，而且反對，就是基因治療的潛在危險。
3.基因治療與社會倫理體細胞基因治療是倫理的，但試圖通過基因工程來糾正生殖細胞的遺傳缺陷或改變正常人的遺傳特征是壹個有爭議的領域。從歷史上看，科學發明對人類的生存和發展產生了深遠的影響，所以今天在遺傳學上開展基因治療應該說是合乎倫理的。重要的問題是獲得社會的理解和合作。首先是患者及其親屬的配合。因此，有必要宣傳基因治療的科學性和安全性以及對人類健康的重要性，以提高人們的認識，同時建立和完善醫療法律和措施。
為了安全起見，臨床試驗前的動物研究必須滿足三個基本要求:①外源基因能導入靶細胞並長期保持有效；②該基因應在細胞中以足夠的水平表達；③基因應該對細胞無害。
基因治療的歷史演變
(1)1962 szybaski等人類DNA用於轉化人類細胞，發現Ca2﹢+could刺激DNA轉入細胞，這是人工轉移遺傳物質的第壹步。
(2)1967年，尼倫伯格提出基因工程應用於人類基因治療。
(3)在1968中，Burnett等人通過DEAE共轉移的方法將病毒導入培養的細胞中。
(4)在1972中，Grahant等人詳細研究了磷酸鈣介導的DNA轉移過程，使這項技術得到了廣泛的接受和應用。
(5)20世紀70年代初，Graessman和Dicumak為通過顯微註射進行基因轉移奠定了基礎。
(6)1973年，美國科學家和幾位醫生在德國進行了第壹次基因治療實驗。患者是壹對姐妹，她們體內缺少壹種罕見的酶。研究人員給患者註射了壹種病毒——叔本華乳頭瘤病毒，這種病毒可以使患者自身的酶分泌恢復正常。實驗無療效，無副作用。
(7)1980年，美國醫生對兩名重型地中海貧血患者進行了基因治療，但失敗了。
(8)1988年，美國國立衛生研究院重組DNA咨詢委員會首次批準了將標記基因導入腫瘤浸潤淋巴細胞的實施方案。結果對患者無害。基因療法逐漸被解除。
(9)5438年6月至0990年9月，研究人員將線性桿狀脫氫酶基因轉入患者體內，患者癥狀明顯減輕，治療成功。
(10)1991年，我國復旦大學的研究人員開展了“成纖維細胞野蠻基因治療血友病B”項目，除了腫瘤和血液病的基因治療，
(11)2000年9月，美國費城壹名18歲的年輕人死於基因治療。美國《科學》雜誌連續刊登報道稱，美國美國食品藥品監督管理局(FDA)暫時禁止壹所大學進行基因治療實驗。
(12)截至2005年7月，全球已有1076個獲批的基因治療臨床試驗方案，其中66%用於癌癥治療。
經過十幾年的發展，基因治療的研究取得了很大的進展。但目前仍處於初期臨床試驗階段，還不能保證穩定的療效和安全性。盡管有許多障礙，基因治療的發展趨勢仍然令人鼓舞。也許正如基因治療創始人所說，基因治療這項新技術將推動21世紀的醫學革命。