殺菌劑是根據來源來分類的。除農用抗生素外，主要品種為化學合成殺菌劑，是壹類用於防治植物病害的藥物。任何能殺死病原菌或抑制生長，但不妨礙植物正常生長的藥劑，統稱為殺菌劑。殺菌劑可以根據作用方式、原料來源和化學成分進行分類。
根據殺滅微生物的程度，殺菌劑分為兩類。
(1)微生物殺菌劑
這些化學物質具有很強的殺傷作用，它們能在短時間內產生各種生物效應，真正能殺死相關微生物。壹般來說，多為強氧化劑，常以沖擊的方式加入循環冷卻水系統，毒性壹般比較大。
(2)微生物抑制劑
這些藥物並不能殺死循環冷卻水中的大量微生物，而是阻止其繁殖發展到系統失效的程度。這種藥物比殺蟲劑毒性小。
根據殺菌劑原料的來源
1，無機殺菌劑如硫磺粉、硫磺混合物、硫酸銅、氯化汞、石灰波爾多液、氫氧化銅、氧化亞銅等。
2.有機硫殺菌劑，如代森銨、二氯化鈉、福美雙、代森鋅、代森錳鋅、福美雙等。
3.有機磷和砷類殺菌劑，如稻瘟凈、柯文粉、磷酸酯、甲基磷、推土特和稻角清。
4.替代苯類殺菌劑，如甲基硫菌靈、百菌清、敵百蟲、五氯硝基苯等。
5、唑類殺菌劑如三唑酮、多菌靈、惡黴靈、苯菌靈、噻菌靈等。
6.抗生素殺菌劑，如井岡黴素、多抗黴素、春雷黴素、農用鏈黴素、抗真菌黴素120等。
7.復配殺菌劑，如滅地飛、雙消靈、炭疽福美雙、抗病毒礬M8、甲霜靈銅、DT殺菌劑、甲霜靈錳鋅、多菌靈錳鋅、甲基硫菌靈錳鋅、廣殺菌奶粉、甲霜靈福美雙可濕性粉劑等。
8.其他殺菌劑如甲霜靈、菌核凈、腐黴利、撲爾敏、氯丹、特氟隆、敵敵畏、青枯菌、福爾馬林、高脂膜、菌毒素、霜黴威、喹唑菌、烯酰嗎啉錳鋅等。