許可事項變更是指經營方式、經營範圍、註冊地址、倉庫地址（包括增減倉庫）、企業法定代表人或負責人以及質量負責人的變更。
登記事項變更是指上述事項以外的其他事項的變更。
藥品經營企業變更《藥品經營許可證》許可事項的，應當在原許可事項發生變更30日前，向原發證機關申請《藥品經營許可證》變更。未經批準，不得變更許可事項。
藥品經營企業申請變更《藥品經營許可證》許可事項時應提交以下材料：
1、變更申請書
2、變更的原因和理由及有關證明；
3、變更註冊地址、倉庫地址應遵循合理布局的原則，並提交新註冊地址、倉庫地址的地理位置圖和平面布局圖，質量管理機構、人員、設施設備情況。
4、變更企業經營範圍的應提交與增加經營範圍相關的藥學專業技術人員職稱證書、學歷證書原件和復印件；倉庫總平面圖、庫內分區平面圖；與增加經營範圍相適應的規章制度和質量管理機構、人員、設施設備情況。
5、變更法定代表人、企業負責人及質量負責人的應提交企業所在地設區市食品藥品監督管理部門出具的擬變更法定代表人和企業負責人、質量管理負責人無《藥品管理法》第76條、第83條規定情形的書面證明；依照《公司法》作出的決議或者決定；國有獨資企業應提交上級主管部門對法定代表人的任命文件；變更企業負責人或質量負責人應提交企業或上級主管部門的任命文件，執業藥師資格證書和註冊證、學歷證書原件和復印件，個人簡歷。除遇有充分證據證明的不可抗拒的原因外，不予變更法定代表人。
《藥品經營許可證》、《藥品經營質量管理規範認證證書》、《營業執照》原件和復印件。
原發證機關收到企業變更申請和變更申請資料後，對申請材料進行審核。
申請材料存在可以當場更正錯誤的，應當允許申請人當場更正；
申請材料不齊或者不符合法定形式的，應當當場或者在5日內發給申請人《補正材料通知書》，壹次性告知需要補正的全部內容。逾期不告知的，自收到申請材料之日起即為受理；
申請材料齊全、符合法定形式，或者申請人按要求提交全部補正材料的，發給申請人《受理通知書》。《受理通知書》中註明的日期為受理日期。
原發證機關自受理之日起15個工作日內作出準予變更或不予變更的決定。
藥品經營企業依法變更《藥品經營許可證》的許可事項後，應依法向工商行政管理部門辦理企業註冊登記的有關變更手續。