柑橘開花時對藥物仍然非常敏感。此時用藥不當或過量，容易導致藥害，造成大量花果，或造成果實畸形發育不良。目前農資商店的農藥大多不能在花期使用。購買農藥建議詢問店家或技術人員，詢問這種農藥是否可以在花期使用。柑橘花期主要害蟲有紅蜘蛛、蚜蟲、花芽蛆、薊馬等。疾病有灰黴病、炭疽病等。
提前做好預防和護理工作主要是避免花期用藥。
冬天打掃花園。摘果後施用微生物菌劑具有培土、增加有機質含量、形成土壤團粒結構、平衡土壤根系、保肥水、抗澇、壯樹等功能。樹木的加強有利於後期和花期病蟲害的防禦能力，如長期積水引起的潰瘍、炭疽病、根腐病等，更為明顯。冬季砍伐時，所有病重的枝葉和樹木都將被清除出花園並被摧毀。雜草將被清除，並噴灑化學物質來清理花園。清園非常重要，主要是為了過冬清除壹切病蟲害，以免防止次年病蟲害嚴重，難以控制。可以用石硫混晶或者自制，來清理花園，也就是殺蟲殺菌，而且價格實惠。第二年春天，在花蕾發芽前再噴壹次。
當花芽萌發約壹厘米時，開始用化學藥劑控制，主要針對柑桔木虱、潛葉蟲、食葉蟲、灰黴病、瘡痂病、薊馬、潰瘍、炭疽病、沙皮等。，看似眾多，但可分為害蟲類化學藥品和病害類殺菌劑，殺死成蟲和蟲卵，而殺菌劑使用復合化學藥品進行處理和保護。只要雨期長就容易發生灰黴病，可以通過搖花處理，及時引流可以預防真菌、細菌、蟲害。第三，薊馬、瘡痂、沙皮在春梢開花前期和萌蘗期都比較有效，後期采取預防措施。紅蜘蛛壹般在春梢葉片快速變綠之前有壹個高發病期，在花脫落之後就已經是了。此時分三次，每7-10天噴壹次。
當花蕾第三次綻放時，葉子散開，也就預防了需要預防的病蟲害。花期病蟲害不用擔心，田間用藥要多加註意。殺蟲劑包括阿維菌素苯甲酸鹽、螺蟲乙酯、噻蟲嗪、烯啶蟲胺、吡唑乙酰胺、溴氰菊酯等。噻嗪酮用於殺卵，氯化氰和毒死蜱用於果樹等。代森錳鋅、苯醚甲環唑、嘧菌酯、醚菌酯、吡唑醚菌酯等。可用於殺菌，還可添加吡唑和咪鮮胺，兩者配合使用，第三次添加硼肥和蕓苔素。
當三分之二的花脫落時，在磷鉀肥上噴灑蕓苔素、硼、鈣(螯合鈣)，在根部施磷鉀肥，進入保果工作。由於開花後氣溫升高，濕度大，病蟲害可以說是聚集爆發。昆蟲如薊馬、象鼻蟲、葉甲、紅蜘蛛、介殼蟲、大食蚊蠅、木虱、粉虱、銹蜱等。
繁殖時是溫暖的，沙皮病、炭疽病、潰瘍病、瘡痂病、角斑病、褐斑病、瘡痂病等疾病也相繼發生。用藥前應稍作改變，如添加和更換蟲害的蜘蛛蟎藥，以避免耐藥性，殺菌劑應多復配。如果之前沒有很好的預防薊馬和疥瘡，就需要添加刺激劑，讓傷到嫩芽和幼果的傷口在沒有變綠後就能顯露出來，並添加海精靈或海藻精華刺激劑。如果使用螺蟲乙酯、阿維菌素甲氨基阿維菌素苯甲酸鹽+阿維菌素虱蟎脲、乙惡唑、唑蟎酯+噻嗪酮+代森錳鋅、咪鮮胺、吡唑醚菌酯，必須使用3次，每15天左右噴灑壹次，濃度和劑量按說明書使用。及時清理有病蟲害的樹枝和果實。