擬訂衛生事業中長期發展規劃、衛生資源配置標準，組織開展區域衛生規劃編制工作；指導衛生財務工作，負責衛生各項資金、衛生建設項目、衛生外資引進和衛生扶貧的監管；負責直屬單位衛生事業經費的預、決算；負責直屬單位國有資產監督管理和基本建設工作；負責局機關財務工作；貫徹執行國家和省基本藥物制度、國家基本藥物目錄、藥品法典和國家藥物政策，推進國家和省基本藥物制度建設；負責藥品和醫療器械集中采購的管理和實施，執行藥品和醫療器械、醫用耗材集中采購目錄；監督管理藥品、醫療器械招標采購活動，負責受理藥品和醫療器械集中采購活動中的投訴、舉報。(掛自貢市衛生應急辦公室和重大傳染病防治科牌子）
擬訂重大疾病控制規劃、免疫規劃和防治嚴重危害人民群眾健康的公共****、衛生規劃、政策，並組織指導實施規範、標準和幹預措施；負責重大疾病防治項目、免疫規劃、地方病、慢性非傳染性疾病、寄生蟲病的防治工作；承擔傳染病法定報告和招投標活動的監督管理工工作；承擔法定報告傳染病疫情信息管理工作；承擔市重大疾病（艾滋病）防治領導小組辦公室的具體工作；負責衛生應急工作，擬訂並指導實施有關規劃、制度、預案和措施；指導突發公共**** 衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援和分析評估，組織不明原因疾病、新發疾病的調查和防控指導，發布突發公共**** 衛生事件應急信息；組織實施突發急性傳染病防控和應急處置措施，組織對較大以上災害事故和恐怖、中毒及核事故、放射事故等實施緊急醫學救援；組織突發公共**** 衛生事件的科學研究。擬訂衛生監督體制改革和體系建設的有關政策、規劃和規範並組織實施；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作，執行國家、省食品安全檢驗機構資質認定條件和檢驗規範；負責食品安全綜合協調工作，組織查處重大食品安全事故，統壹發布全市重大食品安全信息；承擔市食品安全委員會辦公室的具體工作；負責職業安全與衛生工作；負責職業安全與衛生工作；組織開展突發事件緊急醫學救援。承擔市食品安全委員會辦公室的具體工作；負責監督管理職業衛生、放射衛生、生活飲用水衛生、公共***場所衛生、環境衛生和學校衛生；負責傳染病防治監督工作；指導衛生行政執法規範化建設，管理衛生行政執法隊伍；組織對危害健康因素的監測和控制，打擊非法行醫和非法采供血行為；整頓和規範醫療服務市場，監督重大醫療衛生違法行為。監督重大醫療衛生違法行為；制定衛生系統法制規劃，負責衛生法制宣傳；負責衛生行政復議、衛生行政應訴、重大衛生行政處罰和行政許可事項聽證等工作。