根據《中華人民共和國國家稅務總局關於企業所得稅部分稅務事項銜接的通知》(國稅發〔2009〕98號)第八條規定，技術開發費加計扣除造成的損失的處理，已形成企業年度虧損的，可以在以後年度用收益彌補，但結轉期限最長不超過5年。
《企業所得稅法》第十八條規定，企業在納稅年度發生的虧損，可以結轉下壹年度，用下壹年度的所得彌補，但結轉期限最長不得超過五年。《企業所得稅法實施條例》第十條規定，企業所得稅法第五條所稱虧損，是指企業每壹納稅年度的收入總額，依照企業所得稅法和本條例的規定，減除不征稅收入、免稅收入和各項減除費用後的余額。從企業所得稅法及其規定來看，企業所得稅的虧損不是會計上的利潤總額，而是按照稅法計算的應納稅所得額，即應納稅所得額為正時稱為利潤，為負時稱為虧損。應納稅所得額等於總收入-非應納稅所得額-免稅收入-可抵扣項目的余額。這個公式體現在納稅申報表上，表格變成:應納稅所得額=企業會計利潤+增稅-減稅+境外應納稅所得額彌補境內虧損-以前年度虧損。也就是說，企業是否虧損，虧損的金額必須通過上面的計算公式計算出來，最後填在報稅單的第23行。但R&D費用增加的扣除額應全額填入上述公式的“稅收減少額”，即企業需要填寫報告期內所有的稅收增加額和增加額，以及彌補國內虧損的境外應納稅所得額，才能計算當年稅法概念的損益。如果不允許扣除R&D費用彌補虧損，企業所得稅申報表必須重新設計，填列說明必須明確。但到目前為止，並沒有規定此事造成的損失不能結轉，退貨也沒有修改。企業可結轉的虧損金額為當年企業申報表主表第23行“納稅調整後收入”的負數金額，包括R&D費用增加部分。
其次，根據《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈企業R&D費用稅前扣除管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發[2008]116號)的相關規定，R&D費用的加計扣除分為資本化和費用化兩種方式。專門知識在發生當年加計扣除，資本化為無形資產成本的150%。也就是說，無論企業新增前或新增後的虧損是否影響企業R&D費用的加計和扣除，當年可以加計的金額都應填入“減免稅”欄，以減少企業的應納稅所得額。如果因此造成虧損，和其他原因造成的虧損壹樣，按照企業所得稅法的規定，結轉五年彌補，這是企業所得稅法及其條例賦予納稅人的權利。