根據上述職責，省衛生廳設15個內設機構：
（壹）辦公室。
負責廳機關政務工作，督促檢查機關工作制度的落實；負責重要會議的組織和會議決定事項的督辦；負責文秘與公文管理、辦公自動化、重要文件的起草、政務公開、機要、保密、檔案、衛生統計、信訪、保衛和接待工作；負責廳機關財務和資產管理等行政事務工作。
（二）人事處。
擬訂全省衛生人才發展規劃和政策並指導實施；承擔廳機關和直屬單位的機構編制、人事管理工作；會同有關部門承擔全省各類衛生專業技術人員資格評審工作；承辦廳黨組管理的領導班子考核和領導幹部的選拔、任用等工作；負責衛生系統幹部教育培訓工作。
（三）規劃財務處（省衛生國外貸款辦公室）。
擬訂全省衛生事業中長期發展規劃，推動區域衛生規劃工作；統籌規劃與協調全省衛生資源配置，管理大型醫用裝備的配置；提出醫療服務價格等政策的建議；擬訂全省藥品和醫療器械采購相關規範；編制省級衛生財務預算、決算，管理廳直屬單位財務工作和國有資產；協調利用國外貸款的工作。
（四）政策法規處。
組織起草衛生地方性法規、政府規章草案，擬訂全省衛生政策和標準；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議和行政應訴工作；負責綜合性衛生政策研究，指導衛生法規實施及普法宣傳工作。
（五）衛生應急辦公室（省突發公***衛生事件應急指揮中心）。
擬訂全省衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織指導對突發公***衛生事件和其他突發事件實施預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
（六）疾病預防控制處。
擬訂全省傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公***衛生相關疾病的防治規劃和幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；組織對重大傳染病、地方病的綜合防治；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；負責省地方病防治領導小組的日常工作。
（七）農村衛生管理處。
承擔綜合管理全省農村基本衛生保健工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；指導全省農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實。
（八）婦幼保健與社區衛生處。
擬訂全省婦幼衛生、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；擬訂全省婦幼衛生技術標準；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。
（九）醫政與醫療服務監管處。
擬訂全省醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理。承擔全省醫療機構醫療服務的監管工作，建立全省醫療機構醫療質量評價和監督體系,組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作; 建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（十）食品安全綜合協調與衛生監督局。
貫徹執行國家食品安全標準；承擔組織查處食品安全重大事故的工作；開展食品安全監測、風險評估和預警工作；貫徹食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息發布工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件。
（十壹）藥物政策與基本藥物制度處。
貫徹國家基本藥物制度、藥品法典、國家基本藥物目錄並組織實施；擬訂我省基本藥物的采購、配送、使用的政策措施；會同有關部門提出國家基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出國家基本藥物價格政策的建議；承擔國家基本藥物制度推廣、宣傳教育工作。
（十二）科技教育處。
擬訂全省醫藥衛生科技發展規劃；組織協調國家和省重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究醫學衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）對外交流合作處。
承擔全省衛生方面對外交流合作的組織協調工作，負責援外醫療隊的選派和管理；負責衛生機構出國團組的申報和全省衛生機構邀請的外國醫學專家、學者及科技合作、技術交流的管理工作；組織協調我省與國際組織和港澳臺在醫療衛生領域的合作與交流；負責對口來陜外賓的接待工作。
（十四）新型農村合作醫療監督管理處。
組織指導全省新型農村合作醫療制度的實施工作，負責全省新型農村合作醫療制度實施的醫療質量監督與醫療費用的科學控制；負責全省新型農村合作醫療制度實施的人員和技術培訓；負責全省新型農村合作醫療制度實施工作的監督檢查、評估和經驗交流。
（十五）省愛國衛生運動委員會辦公室。
擬訂全省愛國衛生工作的中長期規劃和年度計劃，統籌協調省愛國衛生運動委員會各成員單位履行工作職責，開展群眾性愛國衛生活動；組織開展創建衛生城市、衛生縣城、衛生村鎮和農村改水、改廁工作；組織開展除害防病工作；負責省愛國衛生運動委員會的日常工作。
機關黨委負責機關和所屬單位黨群工作。
離退休人員服務管理處負責機關離退休人員服務管理工作，指導所屬單位的離退休人員服務管理工作。
紀檢組、監察室按有關規定設置。