醫院和藥店的運行體制不同。醫院是實行壹定福利政策的社會公益事業機構，為了讓患者放心看病、安心治病，會在醫療設施和醫務人員配備上下很多功夫，醫院在配備藥物的時候也會經過很多環節，無形之中增加了成本，而且由於 政 府 對醫院的資金投入有限，醫院對價格不具備靈活性。藥店是獨立法人的經濟實體，采購藥物的成本和運行成本與醫院不同，也可以靈活調整價格和營銷策略，實現薄利多銷。醫院和藥店的藥品結構不同。醫院不單單是給病人開藥，為了更好地預防和治療疾病，還需要不間斷地研制新藥，並且經過全方位的臨床實驗，讓新藥得以發揮效果。病人在醫院開藥，也得到了專業醫生的指導。考慮到這方面的成本，國家也會相應地把醫院的藥價調高壹點。相比較之下，藥店就顯得比較利益，多售賣成本低的藥物，以及常用藥，以量取勝，讓消費者誤以為藥店的藥價格比醫院的便宜。