根據上述職責，四川省食品藥品監督管理局設16個內設機構： （壹）辦公室（對外交流合作處）。
承擔機關日常政務，負責會議組織、文秘、機要、檔案、安全保衛、信訪、保密、史誌和行政後勤管理、局機關及直屬單位績效考核管理等工作；負責局機關外事工作，組織對外合作與交流。 （二）綜合協調處。
承擔食品安全監管有關部門和市（州）人民政府履行食品安全監督管理職責的考核評價工作職責；承擔食品、藥品、醫療器械、化妝品監督管理重大問題的調查研究，並提出相關政策建議，起草重要文稿；承擔省食品安全委員會辦公室日常運行的具體工作。 （三）政策法規處（行政審批處）。
參與起草食品、藥品監督管理的有關地方性法規、規章草案；負責本部門依法行政工作，落實行政執法責任制；負責機關行政規範性文件的合法性審核及有關備案工作；規範行政執法行為，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴有關工作，推動完善行政執法與刑事司法銜接機制；負責食品、藥品、醫療器械、化妝品有關的行政審批工作。
（四）食品生產監管處。
負責生產環節的食品安全監管；擬訂生產環節食品安全管理規範並監督實施；承擔生產環節食品安全狀況調查和監測工作；掌握分析生產環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議。
（五）食品流通監管處。
負責流通環節的食品安全監管；擬訂流通環節食品安全管理規範並監督實施，承擔流通環節食品安全狀況調查和監測工作；掌握分析流通環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議。
（六）餐飲服務監管處。
負責餐飲服務環節的食品安全監管；擬訂消費環節食品安全管理規範並監督實施，承擔消費環節食品安全狀況調查和監測工作；掌握分析餐飲服務環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議。
（七）食品風險監測處。
負責食品安全統計、數據庫建立和數據分析；參與制定食品安全風險監測計劃，並根據計劃開展食品安全風險監測，組織開展食品安全風險預警和風險交流；編制食品安全年鑒、食品安全狀況報告及形勢分析報告。 （八）藥品化妝品註冊管理處（中藥民族藥監管處）。
監督實施國家藥品、藥用輔料標準，負責直接接觸藥品的包裝材料和容器產品目錄、藥用要求、標準及註冊的現場核查；制定化妝品安全監管工作規則並指導實施，負責化妝品安全的監測、分析、預測與評價工作；監督實施非處方藥物目錄、藥物非臨床研究及藥物臨床試驗質量管理規範；負責藥品再註冊以及不改變藥品內在質量的補充申請核查；實施中藥品種保護制度，組織擬訂中藥材（含藏藥材）標準和中藥飲片（含藏藥飲片）炮制規範；指導全省藥品、直接接觸藥品的包裝材料、容器的檢測機構、技術審評認證機構業務和新藥開發工作。
（九）醫療器械監管處。
監督實施國家醫療器械標準和分類管理；監督實施醫療器械生產、經營許可和產品註冊；
負責第二類醫療器械產品註冊；負責國產第三類醫療器械不改變產品內在質量的變更申請。監督實施醫療器械臨床試驗、生產、經營質量管理規範；組織實施醫療器械日常監管工作，指導醫療器械檢測和技術審評認證機構的業務，組織開展評價性質量抽查檢驗和醫療器械不良事件監測、再評價、淘汰工作。
（十）藥品化妝品生產監管處。
負責全省藥品、化妝品生產和醫療機構制劑的日常監管工作；組織實施處方藥與非處方藥的分類管理和基本藥物目錄管理制度；組織實施藥品不良反應監測及合理用藥工作；監督實施中藥材生產、藥品生產、化妝品生產、醫療機構制劑等質量管理規範；依法監管放射性藥品、麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品及特種器械；掌握分析藥品、化妝品生產環節安全形勢並提出完善制度機制和改進工作的建議。
（十壹）藥品化妝品市場監管處。
負責互聯網藥品、化妝品交易服務行為和信息的監督工作，指導和實施農村藥品供應網、監督網建設；監管中藥材集貿市場的藥品質量；掌握分析藥品、化妝品流通環節安全形勢並提出完善制度機制和改進工作的建議。
（十二）應急管理處。
推動食品藥品安全應急體系建設，組織編制應急預案並開展演練，承擔食品藥品安全事故應急處置和調查處理工作，指導協調市（州）食品藥品安全事件應急處置工作；組織實施問題食品藥品召回制度；負責食品藥品安全舉報受理工作；組織查處重大食品藥品安全違法行為。
（十三）科技與宣傳處。
組織實施食品藥品監督管理科技項目，推動食品藥品檢驗檢測體系、電子監管追溯體系和信息化建設；貫徹國家食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；參與制訂食品安全地方標準；擬訂食品安全信息統壹公布制度，承擔食品藥品安全科普宣傳、新聞和信息發布工作；
負責藥品、醫療器械、保健食品廣告內容審查工作，定期發布有關違法廣告公告和相關質量公告。 （十四）規劃財務處。
擬訂食品藥品安全發展規劃、基本建設和裝備規劃並組織實施，承擔機關和直屬單位預決算、財務、國有資產管理、財政資金績效考評及內部審計工作職責；承擔機關政府采購及直屬單位的政府采購監管工作。 （十五）人事處。
負責機關和直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資等工作；擬訂幹部教育培訓規劃並組織實施；協助有關部門做好執業藥師資格考試工作；嚴格執行執業藥師資格準入制度，負責執業藥師註冊工作；負責因公出國（境）人員政審報批工作。
（十六）離退休人員工作處。
負責機關離退休人員工作，指導直屬單位離退休人員工作。 （十七）機關黨委。
負責機關及其直屬單位的黨群工作。其辦事機構的設置方式，由省食品藥品監管局黨組按照省委規定確定。2013年8月新組建的四川省食品藥品監督管理局設有兩個辦公區，壹處位於青羊區玉沙路98號（原四川省食品藥品監督管理局所在地），另壹處位於青羊區東城根南街30號（原四川省食品安全委員會辦公室所在地），目前，兩個辦公區均都掛上了“四川省食品藥品監督管理局”、“四川省食品安全委員會辦公室”兩塊牌子。新組建的省藥監局設16個內設機構，其中食品生產監管處、食品流通監管處、應急管理處、科技與宣傳處、綜合協調處5個處室設在青羊區東城根南街30號的辦公區，其余11個處室設在青羊區玉沙路98號的辦公區。 1、四川省食品藥品稽查總隊
2、四川省食品藥品安全監測及評審認證中心
3、四川省食品藥品檢驗檢測院
4、四川省食品藥品學校
5、四川養麝研究所