生物農藥還沒有被廣泛使用。目前生物農藥有三類:生化農藥、微生物農藥和植物農藥。目前化學農藥仍是防治番茄灰黴病的主要手段，主要殺菌劑有多菌靈、甲基硫菌靈、腐黴利、異菌脲、嘧黴胺、啶氧菌酯、己唑醇和乙黴威。如果長期過量使用這些藥物，會導致農產品殘留超標和環境汙染，還會使灰黴病產生抗藥性。
目前番茄使用的生物農藥有幾十種，毒性低，對環境安全。不易產生CFU/抗性:用於防治番茄灰黴病的生物農藥主要有0.5%黃連素水溶液、5%香芹酚水溶液、1%苦參堿可溶性液、1.5%苦參水溶液、0.3%丁香酚可溶性液、2.1%丁子香芹酚水溶液等。
淡紫擬青黴水溶性生物農藥是番茄根結線蟲病的生物防治劑。壹種新型番茄根結線蟲病防治專用藥劑淡紫擬青黴具有繁殖快、生命力強、安全無毒等特點。淡紫擬青黴分泌並合成多種有機酸、酶和生理活性物質。
微生物防治，如黃金種植專用原液，通過葉面噴施或根部灌溉，增強番茄植株的抗病性，從而預防番茄青枯病。
編者按:生物農藥是壹種可再生資源，基本不含任何合成成分，具有安全、無毒副作用、不汙染環境等優點。未來，生物農藥在農藥中的比重也會增加。