消毒是防止鼠疫疫情擴散的重要措施，是疫區處理的主要任務之壹，其目的是殺滅或消除汙染範圍內的病原微生物，使之無害化。
鼠疫病人居住的房間可用1000mL二氧化氯溶液、0.5%過氧乙酸或5%來蘇噴霧劑（300m1/m3）消毒，每天1次，腺癌病人房間每天消毒2次。運送病人的車輛用 1000m 二氧化氯溶液、0.5% 過氧乙酸或 5%來蘇爾水溶液噴灑消毒。車輛外部消毒應增加濃度。
2.滅蚤
鼠疫疫區確定後，在對病人進行治療的同時，應隨時更換病人的衣物、被褥進行消毒、滅蚤。對患者及密切接觸者的所有房屋、地面、墻壁、炕、室內物品等噴灑滅蚤藥物，進行初步滅蚤。此時，不要移動室內物品，以免跳蚤四散逃逸，增加感染機會。初步滅蚤後，要進行第二次徹底的全面滅蚤。大小隔離圈先進行環境滅蚤，同時對鼠洞進行滅蚤處理。
根據疫情動態和當地遊蚤的嚴重程度，可將滅跳蚤範圍擴大到封鎖區或更大範圍。可重復或交替使用滅蚤藥物。嚴格管理貓、狗和其他動物，要求拴養並使用藥物消滅跳蚤。所有沒有拴住的貓和狗都將被處死。疫情嚴重時，有發展趨勢的貓、狗等家養食肉動物可處死。
如果隔離圈外圍是動物鼠疫疫區，可采用滅鼠、滅跳蚤和熏蒸藥物處理鼠洞。采用毒餌滅鼠法時，必須及時堵塞鼠洞，防止跳蚤出洞。可用敵敵畏、氯氰菊酯醋、奮鬥吶、殺蟲脒等滅跳蚤。用化學滅蚤藥對大、小隔離圈進行室內外環境滅蚤後，要求達到粘跳蚤紙法（每間5只）或集土法（每間5毫升）不能檢出跳蚤的標準。
3、滅鼠
人間鼠疫疫區滅鼠必須在滅蚤的基礎上進行，或與滅蚤同時進行。大、小隔離圈的室內外滅鼠，應選用高效殺鼠劑、熏蒸或毒餌法。除專業人員進行調查和檢查外，嚴禁用器械滅鼠，以防鼠疫傳染和疫蚤遊走。大小隔離圈經滅鼠處理後，無論家鼠、野鼠均應達到無鼠、無洞的標準。
已確認感染鼠疫病人來自當地動物鼠疫疫區的，滅鼠範圍要擴大到隔離圈範圍外的動物鼠疫疫區所屬居民區及鄰近地區。用熏蒸劑滅鼠、滅跳蚤，對前往野外鼠疫區的鼠和跳蚤進行滅鼠、滅跳蚤。滅鼠標準為家中家鼠密度降到0.5%以下，生產生活區及附近鼠疫主要寄主密度應降到：家鼠I%以下，黃鼠1只/10公頃以下，沙鼠3只/10公頃以下，早獺0.5只/10公頃以下。
滅鼠可采用敵鼠鈉、敵鼠酮、磷化鋅、磷化鋁、氯化苦等。在人煙稀少、滅鼠範圍較大的邊遠地區，不具備施放熏蒸劑的條件而改用毒餌滅鼠時，必須在滅鼠的同時，采取打洞或堵洞滅跳蚤等措施。投藥人員要註意個人防護。
4、環境衛生管理
搞好環境衛生是鞏固滅鼠滅蚤效果的經常性措施，也是檢驗滅鼠滅蚤效果的壹項重要指標。要求做到窗明幾凈，室內無灰塵，墻壁無縫隙，地面無破洞，糧庫有防鼠設施，室外無散落垃圾和糞便，牲畜圈舍、街道整潔。總之，在滅鼠公司對疫區進行處理後，要使室內外形成清潔衛生的環境，清除鼠蚤孽生之地和存在的病原隱患。