在現有的轉基因魚中，供體基因基本上是哺乳動物的BH基因rloI。因此，在轉基因研究中應盡量考慮供體魚和受體魚之間的親緣關系。加強主要養殖魚類抗應激和抗病基因的分離。外源基因導入受精卵後，整合率與基因操作技術有關，整合率的高低決定了外源基因能否穩定遺傳。此外，外源基因能否在受體細胞中高效表達，啟動子和增強子起著重要作用，而特定基因的啟動子的功能具有組織特異性，增強子則具有物種特異性。如果能從魚類基因組中分離出合適的啟動子，就能獲得更高效的表達。
微量註射法
魚類基因轉移中導入的外源基因的整合率高於其他方法，但工作量很大，而且對於季節性產卵的魚類來說，註射的魚卵數量有限，很多胚胎過早死亡，存活的魚苗中有相當壹部分未能進行整合，這給後續篩選帶來很多不便。高效的轉基因方法，如電脈沖法和精子攜帶法，整合率很低，需要進壹步改進。點雜交和 Southern 印跡法壹般用於檢測外源轉基因的整合率。這種方法需要昂貴的生物藥物和酶，而且使用放射性同位素標記，成本高、耗時長，對人體健康有害。如果能在魚苗早期就通過形態、顏色等標記區分轉基因魚，早期淘汰非轉基因魚，將是轉基因魚研究的有力方法。
環境問題
轉基因魚類進入自然界會不同程度地影響生態平衡。許多科學家認為，轉基因魚的表型可能會在生理節律性、環境耐受性和行為三個方面發生改變。這些表型的改變勢必會破壞現有的良性生態平衡。此外，轉基因魚使用的啟動子多為 mMT，會誘導重金屬離子在許多運動組織中積累，人類長期食用這類轉基因魚可能會導致重金屬中毒，這也是必須考慮的問題。
篩選和品系建立
轉基因魚類研究的目的是獲得具有高經濟價值的轉基因魚類品系，用於生產應用。在對轉基因魚進行 DNA 水平、蛋白質水平以及宏觀生長比較和生物試驗觀察鑒定後，需要壹種快速建立優良品系的方法，通常采用的方法是單性發育法。從理論上講，經過兩代單性發育，優良的遺傳性狀就可以固定下來，形成新的品系。但實際工作並非如此簡單，因為外源基因在受體魚類生殖細胞中傳遞時，會受到化學修飾、封閉基因表達，以及外源基因進入受體細胞後的甲基化問題等，都會影響轉基因魚品系的建立。