板藍根具有抗菌和抗病毒的作用。該浸液對枯草芽孢桿菌、金黃色葡萄球菌、八頭鏈球菌、大腸桿菌、傷寒桿菌、副傷寒桿菌、福氏誌賀氏菌、腸桿菌科等有抑制作用。丙酮浸提液也有類似作用，對溶血性鏈球菌有效(均采用瓊脂小孔板法)。對A群腦膜炎球菌的抑菌作用與大蒜和金銀花相似。有人認為板藍根和菘藍的有效成分是靛玉紅。實驗表明，靛玉紅在體內外沒有抗菌作用；體外抗病毒效果不突出；在體內排泄較快，故認為無明顯生理和抗菌活性。同時也有抗鉤端螺旋體的作用。實驗證明，比例大於1: 100的板藍根或大青葉具有殺滅試管中鉤端螺旋體的作用。並且具有很強的解毒作用。
板藍根的副作用
大多數人誤以為板藍根顆粒是“良性藥”，多吃不會有害。其實板藍根也不是沒有副作用。板藍根雖然副作用小，但服用和劑量壹定要嚴格按照包裝上的說明，盲目濫用是起不到防病保健作用的。板藍根含有多種抗菌成分，具有清熱解毒的功效，對春季感冒、流感、流行性腮腺炎、紅眼病、麻疹等常見病有較好的防治作用。板藍根雖然副作用小，但服用和劑量壹定要嚴格按照包裝上的說明，盲目濫用是起不到防病保健作用的。“是壹藥三毒”，板藍根也不例外，也有壹定的毒副作用和不良反應。
菘藍可引起過敏反應；
也有很多因為濫用板藍根顆粒和註射劑而出現過敏反應等不良反應。多由板藍根註射液引起，主要表現為頭暈、面唇發紺、四肢麻木、全身皮膚潮紅、皮疹等。，有時表現為全身紅斑型藥疹，嚴重時可引起過敏性休克。
過量會損害消化道:
板藍根毒性極大，極少數人服用常規劑量會出現輕度消化癥狀。據報道，1 4歲流行性腮腺炎患兒在註射板藍根註射液的同時，口服板藍根煎劑和含板藍根的片劑，6天後引起上消化道出血。
板藍根不對癥反而有害；
由於發現板藍根在治療病毒和細菌感染方面是有效的，所以使用板藍根及其制劑(如顆粒劑和口服液)是非常普遍的。板藍根是寒性產品。雖然沒有中毒的報道，但是長期大量服用會有不良反應，尤其是老人和體弱者。如果身體陽虛，體寒過涼，可能會出現口淡、乏力等癥狀。