根據上述職責，省衛生廳設16個職能處室：
（壹）辦公室。綜合協調廳機關政務工作，負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；負責安全保密、政務公開、來信來訪和新聞發布等工作；負責全省衛生強市強縣創建的綜合協調管理工作。
（二）政策法規處。負責組織綜合性政策調研，組織擬訂重大衛生改革發展政策；負責擬訂衛生立法規劃，組織起草衛生地方性法規、規章草案和衛生標準；負責衛生行政復議、行政應訴和行政審批管理工作；負責指導全省衛生法制宣傳教育和理論研究工作；負責規範性文件合法性審核和報備工作。
（三）規劃財務與審計處。擬訂全省衛生事業發展規劃，擬訂全省衛生資源配置標準，指導開展區域衛生規劃工作，負責衛生統計信息工作；負責擬訂衛生經濟政策和衛生財務管理規範，指導推進公立醫院經濟運行機制改革工作；擬訂本省衛生裝備標準和計劃，負責大型醫用設備的配備審批和監督管理；負責省屬醫療衛生單位財務、基建、國有資產監督管理和審計工作；提出醫療服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策的建議。
（四）公***衛生應急處理辦公室（掛突發公***衛生事件應急指揮中心牌子）。擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；指導地方對突發公***衛生事件和其他突發事件實施預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故、生物安全事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
（五）疾病預防控制處（掛省愛國衛生運動委員會辦公室牌子）。擬訂全省重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施；會同有關部門完善全省重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；擬訂基本公***衛生服務均等化計劃，組織實施基本公***衛生服務項目和重大公***衛生服務項目；承擔省公***衛生工作委員會辦公室、省愛國衛生運動委員會辦公室的具體工作。
（六）農村衛生管理處。組織擬訂農村衛生事業發展規劃、政策，指導推進農村衛生體制機制改革；擬訂農村衛生服務標準化建設方案和服務規範，指導開展農村基本公***衛生服務均等化和基本醫療服務工作；負責新型農村合作醫療的綜合管理工作；負責全省鄉村醫生的管理工作。
（七）婦幼保健與社區衛生處（掛計劃生育技術指導處牌子）。組織擬訂發展婦幼保健、城市社區衛生服務的政策、規劃並監督實施；擬訂城市社區衛生服務標準化建設方案和服務規範，指導開展城市社區衛生服務工作；負責婦幼保健監督管理，組織預防和減少出生缺陷與先天性殘疾工作，指導並推進婦幼保健服務均等化。
（八）醫政處。負責醫療機構、采供血機構的執業許可審批、醫療技術準入許可審批、執業醫師和護士的執業資格準入；組織擬訂醫療質量和安全管理等有關政策、規範、標準；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理；負責組織突發公***衛生事件、突發事件的醫療救助和重大活動醫療保障工作；擬訂城市醫院支援基層醫療衛生機構的政策措施並組織實施；擬訂醫療服務評價和監督規範，負責全省醫療服務監管工作；推進公立醫院管理體制改革工作；負責組織醫療事故等技術鑒定工作。
（九）食品安全協調監察處。負責食品安全綜合協調；組織擬訂地方食品安全標準，承擔食品安全企業標準備案工作；負責擬訂食品安全管理相關制度，組織開展食品安全監測和預警工作；承擔重大食品安全信息發布工作；組織開展重大食品安全事故調查處理；承擔省食品安全委員會辦公室的具體工作。
（十）衛生監督局。指導規範衛生行政執法工作；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病的防治監督；負責醫療服務市場的依法監督，組織查處違法違規行為；承辦重大疑難衛生違法案件。
（十壹）藥械采購管理處。負責全省藥械集中采購工作的具體組織實施；擬訂全省藥械集中采購和配送的業務流程、工作規範、技術服務標準；擬訂全省藥械集中采購的藥品目錄；建立全省藥械集中采購專家庫；負責全省藥械集中采購平臺管理；負責全省藥械集中采購交易過程的日常監管；負責組織實施國家基本藥物制度。
（十二）科技教育處。擬訂醫藥衛生科技教育發展規劃；組織實施重點醫藥衛生科技攻關項目和學科建設計劃；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究醫學衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育、全科醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）國際合作處（掛港澳臺辦公室牌子）。承擔組織指導全省衛生系統涉外事務；組織開展衛生領域的科技、人才和資金引進工作；組織實施衛生系統的對外合作項目；負責管理國際和境外民間組織在我省的衛生合作活動；推動中醫藥的國際合作交流；負責我省承擔的國家援外醫療任務；承擔與港澳臺的衛生合作交流工作。
（十四）省保健委員會辦公室（掛保健局牌子）。承擔省保健委員會的日常工作；組織擬訂省幹部保健工作規劃，擬訂省幹部醫療保健方案並組織實施；負責來浙中央領導、外省（市）主要領導、知名人士、重要外賓的醫療保健工作；負責省保健委員會確定的保健對象醫療保健、健康檢查工作；承擔國際性、國家和省內重大活動、大型重要會議等的保健任務；負責對全省幹部保健部門的業務指導。
（十五）人事處。擬訂全省衛生人才規劃和政策，指導全省衛生人事分配制度改革等工作；承擔機關和直屬單位的機構編制和人事管理工作；會同有關部門擬訂各類衛生專業技術人員資格標準並組織實施；組織指導衛生管理幹部培訓工作。
（十六）離退休幹部處。負責廳機關離退休幹部的管理和服務工作；指導廳直屬單位離退休幹部的管理和服務工作。
直屬機關黨委。負責廳機關和直屬單位的黨群工作。
（十七）派駐紀檢組、監察室