根據上述職責，市衛生局內設14個職能科室。 （壹）辦公室（行政許可服務科）
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、行政許可服務等工作。
（二）人事科
擬訂全市衛生人才隊伍發展規劃和措施，並指導實施；會同有關方面貫徹執行各類衛生專業技術人員資格標準並組織實施；承擔機關和直屬單位的幹部人事、機構編制管理工作；負責援外醫療隊的派遣及日常外事工作；指導直屬單位的離退休幹部工作。
（三）計劃財務科
擬訂衛生事業發展規劃，指導區域衛生規劃工作，統籌規劃與協調全市衛生資源配置；管理大、中型醫用設備配置；組織協調中央和省市專項經費的安排使用與管理；管理醫療衛生服務價格；負責市直衛生部門及局機關預算管理和指導市屬衛生事業單位基本建設及財務資產管理等；擬訂衛生財務、會計、基建、大型醫用設備、醫療器械采購等管理制度；負責內部審計、衛生統計工作。
（四）衛生應急辦公室
擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；指導地方對突發公***衛生事件和其他突出事件實施預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對自然突害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援。
（五）疾病預防控制科
擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔法定報告傳染病疫情信息工作；承辦市防治艾滋病工作委員會的具體工作。
（六）農村衛生管理科
承擔綜合管理農村基本衛生保障和新型農村合作醫療工作，貫徹執行有關政策、規劃並組織實施；指導全市農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實。
（七）婦幼保健與社區衛生科
貫徹執行婦幼衛生、社區衛生的政策措施、發展規劃、技術標準並組織實施；負責《中華人民***和國母嬰保健法》的執法監督，依法監督母嬰保健技術服務的實施；組織實施《九江市婦女、兒童發展綱要》中婦幼衛生有關目標；協調有關部門做好優生優育工作。貫徹執行婦幼衛生技術標準；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。 （八）醫政與藥政科
貫徹執行醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；貫徹執行醫務人員執業標準和服務規範；貫徹執行藥品集中招標采購工作相關政策、指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫療感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理；負責貫徹國家基本藥物制度、藥品法典、國家基本藥物目錄並組織實施；擬訂市級基本藥物的采購、配送、使用的措施；提出國家基本藥物價格政策的建議；參與國家基本藥物制度推廣、宣傳教育工作。
（九）醫療服務監管科
承擔醫療機構醫療服務質量和安全監管工作，建立醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作；優化醫療執業環境，協調處理醫療糾紛和醫療投訴信訪件，建立健全以公益性為核心的公立醫療監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（十）食品安全綜合協調科
承擔市食品安全監管領導小組日常工作。負責食品安全綜合協調；貫徹執行食品安全綜合的政策規劃和食品安全地方標準；承擔組織查處食品安全重大事故的工作；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；執行食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；依法承擔重大食品安全信息發布工作。
（十壹）衛生法制與監督科
負責組織實施衛生監督體系建設工作；歸口統壹管理衛生行政執法工作；負責行政執法監督稽查工作；按照職責分工，負責職業衛生、環境衛生（含生活飲用水和公***場所）、放射衛生、學校衛生、消毒產品和涉及飲用水衛生安全產品的監督管理；負責傳染病防治監督和打擊非法行醫、非法采供血工作，整頓和規範醫療服務市場；組織查處衛生違法案件，組織協調有關行政復議和行政應訴工作。
（十二）中醫與科技教育科
貫徹執行中醫、中西醫結合工作發展規劃、管理辦法、規章和技術標準；負責全市中醫醫政工作，負責中醫、中西醫結合醫療機構的設置申報及監督管理；負責全市中醫、中西醫結合教育、科研工作；擬訂醫藥衛生科技發展規劃、實施科技計劃和成果管理工作；組織實施國家和省市重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生技術推廣和科學普及工作；貫徹執行地方衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生人員教育培訓和專業技術崗位培訓工作；組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）市政府血吸蟲病地方病防治領導小組辦公室（副處級）
承擔市政府血吸蟲病地方病防治領導小組的日常工作；制訂全市血吸蟲病、地方病防治工作規劃和年度計劃並組織實施；組織協調有關部門抓好血吸蟲病、地方病的綜合防治工作；督促指導全市血吸蟲病、地方病、麻風病的綜合治理、科學防治工作。
（十四）市愛國衛生運動委員會辦公室（副處級）
宣傳貫徹有關愛國衛生工作的法規政策；制定全市愛國衛生工作的規劃和措施；指導全市各縣（市、區）愛國衛生工作；組織協調開展創建市級、省級、國家衛生城鎮（村、單位）活動和推進健康城市建設；組織協調指導全市健康教育和健康促進工作；組織協調指導全市農村改廁和農村飲用水水質監測工作；組織城鄉開展除“四害”活動；承擔市愛國衛生運動委員會的日常工作。
機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作。
紀委（監察室）。為市紀委（市監察局）的派駐機構。