肯尼迪自當選以來就壹直在思考自己的就職演說，他不想發表壹篇偏重時事的演說，也不喜歡老調重彈冷戰時期的陳詞濫調，更不想談及有可能加劇美蘇緊張局勢的****animalism威脅等相關問題。他希望用壹些詞語激發人們對和平的希望，並為新時代定下樂觀的基調。
雖然社會各界提出了壹些建議，記者、密友、作家和陌生人也提供了許多草稿和大量稿件，但最後的演講稿還是由肯尼迪親自撰寫的。他希望演講能夠流暢地表達自己的意圖，而他顯然達到了這壹目標。
"我希望每壹個國家，無論他們對我們懷有善意還是敵意，都知道我們將付出壹切代價、承擔壹切責任、面對壹切困難、支持壹切朋友、對抗壹切敵人，以確保自由的生存和成功。......在世界歷史的長河中，只有幾代人有幸在最危急的時刻接過捍衛自由的衣缽。我對這樣的責任毫不畏懼，我已經做好了承擔的準備。我相信，我們任何人都不會拿我們現在的地位與其他民族或其他世代交換。我們所付出的精力、信念和忠誠將照亮我們的國家和為之服務的人民，而它所發出的光芒也能真正照亮世界"。
在演講中，他呼籲全人類團結****，反對暴政、貧困、疾病和戰爭，他說："不要問妳的國家能為妳做什麽，而要問妳能為妳的國家做什麽。(不要問妳的國家能為妳做什麽，而要問妳能為妳的國家做什麽）。這句話已成為美國總統就職演說中最受歡迎的短語之壹。就職演說結束後，約有 75% 的美國民眾對新總統表示認可。這表明肯尼迪順利度過了權力交接期。由於肯尼迪考慮問題的角度不是組織和結構，而是人，因此他的內閣組成有幾個顯著特點：
1.內閣成員年輕化。肯尼迪內閣主要成員的平均年齡不到50歲。
2.註重選拔人才。內閣的每壹位重要成員都接受過高等教育，工作能力較強。
3.沒有強烈的黨派色彩。在肯尼迪的內閣中，擔任財政部長和國防部長兩個重要職務的克拉倫斯-道格拉斯-狄龍和羅伯特-麥克納馬拉都是****和黨派成員。
4.大膽任命親屬擔任內閣要職。肯尼迪不顧反對任人唯親的呼聲，任命自己的弟弟羅伯特-肯尼迪（Robert F. Kennedy）擔任司法部長。肯尼迪提名了以下法官進入美國最高法院：
拜倫-雷蒙德-懷特（Byron Raymond White）--1962年
阿瑟-約瑟夫-戈德堡（Arthur Joseph Goldberg）--1962年 肯尼迪在國內政策方面提出了許多計劃，如改善城市住房條件、發展教育、改革稅收制度、修訂農業計劃、保護和開發自然資源、為老年人提供良好的醫療服務、反對種族歧視、給予黑人公平的權利等。然而，這些計劃在實施過程中大多遇到了來自各方尤其是國會的重重阻礙。
到1963年7月，美國媒體在評論肯尼迪內政計劃的實施情況時指出，政府開支已達到940億美元，1963年的財政赤字將達到70億美元，黃金儲備降至1939年以來的最低點。大規模減稅法案和黑人公平權利法案被推遲到 1964 年肯尼迪遇刺之後。對農業計劃的修訂、援助公立學校的法案以及其他壹些法案也被擱置或被迫放棄。
經濟政策
在任期內，肯尼迪廢除了壹系列苛刻的財政政策，並放松了貨幣政策以保持低利率，從而鼓勵經濟增長。這壹舉措後來受到批評，被認為是導致 20 世紀 70 年代經濟問題的原因之壹，因為政府的巨額支出助長了通貨膨脹。1962年，肯尼迪提出了總額為1000億美元的年度預算，1961年，肯尼迪任期內的第壹個年度預算產生了美國歷史上第壹個非戰爭、非經濟衰退引起的赤字。
聯邦和軍方死刑
作為總統，肯尼迪審查了以前聯邦和軍方有關死刑政策的決議。愛荷華州州長哈羅德-休斯（Harold Hughes）是死刑的反對者，他曾以個人名義聯系肯尼迪，請求他赦免被愛荷華州法院判處死刑的罪犯維克多-費格爾（Victor Feguer），但肯尼迪最終拒絕了這壹請求，費格爾最終於1963年3月15日被判處死刑。1962年2月12日，肯尼迪為被軍事法庭判處死刑的海軍士兵吉米-亨德森（Jimmie Henderson）減刑，將死刑減為終身監禁。
民權
在美國，國家認可的種族歧視引發的動蕩是肯尼迪時代最大的國內問題之壹。1954年，美國最高法院在布朗訴托皮卡教育委員會案中裁定，公立學校中的種族隔離違反憲法。然而，在許多學校，特別是在美國南部地區，並沒有遵守最高法院的相關規定。在公共汽車、餐館、電影院、廁所以及其他壹些公共****ing，種族隔離現象依然存在。
肯尼迪支持種族融合和民權，他在1960年的壹次活動中致電科雷塔-斯科特-金，即被定罪和監禁的牧師小馬丁-路德-金。肯尼迪的妻子認為馬丁-路德-金可以為他帶來更多黑人的支持。肯尼迪和他的兄弟、司法部長羅伯特-肯尼迪（Robert F. Kennedy）的幹預為小馬丁-路德-金的早日獲釋創造了條件。
1962年，詹姆斯-梅雷迪思試圖到密西西比大學上課，但遭到白人大學生的阻撓。肯尼迪隨後派出了400名法警和3000名士兵，確保梅雷迪思能夠上他的第壹堂課。肯尼迪還派出壹些法警保護自由倡導者。
作為總統，肯尼迪起初認為爭取民權的草根運動只會激怒那些南方白人，從而使民權法案更難通過國會（國會主要由南方民主黨人主導），所以肯尼迪本人對他們和民權問題置之不理。最終的結果是，許多民權領袖認為肯尼迪不支持他們和他們所做的努力。
1963年6月11日，阿拉巴馬州州長喬治-華萊士（George Wallace）堵住阿拉巴馬大學教室的門，阻止兩名非裔美國學生維維安-馬龍-瓊斯（Vivian Malone Jones）和詹姆斯-胡德（James Hood）去上課，肯尼迪總統出面幹預。在法警、司法部副部長尼古拉斯-卡岑巴赫（Nicholas Katzenbach）和阿拉巴馬國民警衛隊抵達後，喬治-華萊士靠邊站。當晚，肯尼迪在全國電視和廣播上發表了著名的演講。肯尼迪的主張最終成為了 1964 年的《民權法案》。
1961年，肯尼迪簽署了壹項行政命令，成立了婦女地位總統委員會。委員會的統計數據顯示，婦女仍然受到歧視。1963年10月，肯尼迪遇刺前壹個月，委員會發布了最終報告，指出了法律和文化障礙。
公民自由
面對針對 **** 保護主義者小馬丁-路德-金的指控，肯尼迪政府同意讓聯邦調查局對包括馬丁-路德-金在內的壹些人進行竊聽。最初對馬丁-路德-金提出指控的人不是別人，正是J-埃德加-胡佛，他憎恨馬丁-路德-金，因為他認為馬丁-路德-金是壹個 "不斷制造麻煩的人"。盡管作為司法部長的羅伯特-肯尼迪（Robert F. Kennedy）只書面批準了有限的竊聽，但聯邦調查局在胡佛的權力控制下，將其權力擴大到了他們認為必要的與金的生活有關的任何事情。林登-約翰遜在 1967 年的國情咨文中用 "窺探 "和 "竊聽 "來形容肯尼迪政府，約翰遜本人也繼續默許對金和其他人進行竊聽。約翰遜本人繼續默許對金和其他人進行竊聽。
肯尼迪還利用聯邦機構的權力阻止美國鋼鐵價格的上漲。華爾街日報》寫道，政府利用 "赤裸裸的權力、威脅和國家安全警察 "來控制鋼鐵價格。耶魯大學法學教授查爾斯-賴克在《新****》上寫道："政府利用大陪審團迅速控制美國鋼鐵是壹種侵犯公民自由的行為"。
移民
約翰-肯尼迪（John F. Kennedy）最初提出了壹項全面的美國移民政策，後來由肯尼迪在參議院的弟弟愛德華-肯尼迪（Edward Kennedy）發起，成為1965年《移民和國籍法》（Immigration and Nationality Act of 1965）。該政策將移民的來源地從北歐和西歐國家大幅轉移到拉美和亞洲國家，並改變了選擇移民的條件，以 "促進家庭團聚"。肯尼迪希望擺脫原來對移民原籍國的關註，他將這壹政策視為其民權政策的延伸。肯尼迪總統的外交政策圍繞以下幾點展開："不支持或援助可能對美國造成傷害的國家的武裝力量，不向****tist 國家提供武器，不向中東國家提供核武器"。
古巴問題和豬灣
在肯尼迪當選總統之前，德懷特-艾森豪威爾的內閣制定了推翻菲德爾-卡斯特羅在古巴的政權的計劃。該計劃由中央情報局和壹小撮政府官員負責起草，目的是通過武裝古巴國內的反卡斯特羅反革命分子，然後讓這些經過美國訓練的反革命分子入侵古巴，煽動古巴民眾，從而削弱菲德爾-卡斯特羅在古巴的權力。
1961年4月17日，肯尼迪命令這些先前訓練有素的抵抗者開始入侵古巴。在這次被稱為 "豬灣事件 "的入侵古巴行動中，1500名來自美國訓練營 "第2506突擊旅 "的古巴反動分子在中央情報局的支持下，帶著推翻菲德爾-卡斯特羅的夢想回到了古巴。菲德爾-卡斯特羅的土地然而，肯尼迪的命令要求第2506旅在沒有美國空軍支援的情況下進攻古巴，1961年4月19日，古巴政府已經逮捕或殺害了起義者，肯尼迪被迫通過談判釋放了被俘的1189名幸存者。
計劃的失敗被歸咎於軍方高層缺乏溝通，其中最嚴重的問題是叛軍完全缺乏海上支援，導致他們在登陸時已經滿目瘡痍。20個月後，古巴釋放了被俘的叛軍，以換取價值5300萬美元的食品和藥品。更嚴重的是，這次行動讓菲德爾-卡斯特羅對美國產生了戒心，並堅信類似的襲擊還會再次發生。
古巴導彈危機
古巴導彈危機始於1962年10月14日，當時壹架美國U-2間諜偵察機拍攝到了壹張正在古巴建造的蘇制中程導彈發射井的照片。這張照片於 1962 年 10 月 16 日提交給肯尼迪。這張照片預示著美國很快就會陷入嚴重的核威脅之中，肯尼迪陷入了兩難境地：如果美國攻擊導彈發射井，可能會直接導致與蘇維埃社會主義****和國家聯盟的核戰爭；但如果美國什麽都不做，就不得不壹直生活在核彈近在咫尺的威脅之中。由於距離很近，如果對方在毫無征兆的情況下發射核彈，美國很可能在還擊之前就被擊潰。另壹個考慮因素是，美國在其所在的西半球將處於弱勢地位。
許多軍事專家和內閣成員都希望對發射井實施空襲，但肯尼迪派海軍監視所有抵達古巴的船只，並準備關閉港口。他開始與蘇聯談判，要求蘇聯撤出在古巴的所有國防武器和儀器。如果不這樣做，蘇聯和古巴人民將面臨關閉港口的命運。
壹周後，他與蘇聯部長會議主席尼基塔-赫魯曉夫達成了壹項基本****ing 諒解--壹項長期協議。赫魯曉夫同意在聯合國的監督下撤出導彈，只要美國保證永遠不進攻古巴，並悄悄拆除美國在土耳其的導彈發射井。這場危機使整個世界距離核戰爭越來越近，這是前所未有的，但幸運的是，兩位領導人的人道精神阻止了危機的爆發。
拉丁美洲和****productivism
肯尼迪認為，使和平革命成為不可能的人最終會使暴力革命不可避免，因此他決定采取 "進步聯盟 "的方式來應對拉丁美洲的****productivism。拉美****analism，其中包括向該地區陷入困境的國家提供外交援助，以及在該地區建立更強大的人權機構。
他與波多黎各官員路易斯-馬林（Luis Muñoz Marín）密切合作，建立了 "進步聯盟"，並將支持波多黎各自由邦自治區內的發展作為壹項重要計劃。
和平隊
作為肯尼迪的早期舉措之壹，他要求國會成立和平隊。在這個計劃中，美國誌願者將在教育、農業、醫療保健和建築等幾個領域幫助欠發達國家。
越南
肯尼迪在越南的參與壹直是保密的，直到1971年五角大樓文件公布。在東南亞，肯尼迪早在1961年就受到德懷特-艾森豪威爾總統的影響，在越南使用有限的武力打擊胡誌明領導的當地****。在宣布打算打擊蔓延的 ****anism 後，肯尼迪制定了壹系列政策。他向不穩定的南越政府提供政治、經濟和軍事支持，包括向該地區派遣 16,000 名軍事顧問和美國特種部隊。肯尼迪還默許使用凝固汽油彈、落葉劑和噴氣式飛機攻擊所有地區。美國繼續以各種方式對該地區進行幹預，直到後來直接卷入越南戰爭。
1963年7月，肯尼迪在越南面臨危機。當時政府的決定是去幫助推翻南越天主教吳廷琰政權。1963 年，南越軍官推翻了吳廷琰的政權，逮捕並最終殺害了吳廷琰（具體死因不詳）。肯尼迪肯定推翻吳廷琰政權的原因之壹是他擔心吳廷琰可能會與中立政府（包括 ****tivists）進行談判，類似的情況曾於 1962 年在老撾發生過。美國國務卿迪安-臘斯克（Dean Rusk）曾經說過："與中立......，就等於投降"。
肯尼迪將駐越美軍人數從800人增加到16300人，但壹些歷史學家認為肯尼迪絕不是越戰的積極支持者。肯尼迪和後來的林登-約翰遜總統的國防部長羅伯特-麥克納馬拉（Robert McNamara）曾表示，肯尼迪在 1964 年大選後非常希望撤出越南。在電影《戰爭迷霧》（The Fog of War）中，不僅羅伯特-麥克納馬拉提到了這壹點，而且林登-約翰遜錄制的壹盤錄音帶也證實肯尼迪確實計劃撤出越南--約翰遜並不贊成這壹計劃。
還有壹個證據表明，肯尼迪的第263號《國家安全行動備忘錄》（NSAM）（1963年10月11日）中也下達了在1963年底前撤出1000名士兵的命令。然而，由於推翻吳廷琰政權的需要，實際情況可能恰恰相反，但自肯尼迪在美國大學發表關於世界和平的演講（1963年6月10日）以來，他在冷戰中總體上采取了軟弱的鷹派路線，這是事實。
肯尼迪遇刺後，新任總統林登-約翰遜於1963年11月26日以自己的NASM第273號文件推翻了肯尼迪早先做出的在1963年底前撤出1000名士兵的決定。
西柏林演講
二戰結束後，在蘇聯和盟國同時施加的壓力下，德國被壹分為二--柏林墻將德國分為東德和西德，前者由蘇聯控制。1963 年 6 月 26 日，肯尼迪訪問西柏林，發表演講公開批評 ****anism。肯尼迪以柏林墻的修建為例，說明了****anism 的失敗："自由是非常艱難的，民主並不完美，但我們從未將人民圍困在墻內"。由於 "Ich bin ein Berliner"（"我是柏林人"）這句非常著名的話，這篇演講變得家喻戶曉。將近 5/6 的西柏林人站在街上聽肯尼迪說這句話。他後來還說："我們再也不會有像那天壹樣的日子了。
《禁止核試驗條約》
由於放射性汙染和核武器擴散的長期威脅，肯尼迪推動了 "部分禁止核試驗條約"。該條約禁止在地面、大氣層和水下進行核試驗，但不包括地下核試驗。美國、英國和蘇聯是最初的簽署國。肯尼迪於1963年將該條約寫入了壹項法案。
1963年，肯尼迪政府支持了壹場針對伊拉克政府的政變，政變的領導人是阿蔔杜勒-卡裏姆-卡西姆（Abd al-Karim Qasim）將軍，他於1958年推翻了伊拉克君主制。中情局幫助阿蔔杜勒-薩拉姆-阿裏夫領導的新復興黨政府鏟除左翼分子和 ****tivists。在薩達姆-侯賽因統治下的復興黨大屠殺期間，伊拉克政府利用中央情報局提供的左翼分子和 ****protarians 名單，有計劃地暗殺了無數知識分子，其中包括數百名醫生、教師、技術人員、律師和其他專業人士。此後，包括美孚、貝克和英國石油公司在內的美國和英國石油公司開始在伊拉克站穩腳跟。肯尼迪迫切希望美國在太空競賽中保持領先地位。據謝爾蓋-赫魯曉夫回憶，肯尼迪曾分別於 1961 年 6 月和 1963 年秋天兩次與他的父親尼基塔-謝爾蓋耶維奇-赫魯曉夫討論合資太空項目。早先，蘇聯在太空探索方面遙遙領先於美國。1961年5月25日，肯尼迪在國會發表講話：
"首先，我堅信，我們國家將在本十年結束前實現宇航員登陸月球並安全返回的目標。沒有任何壹項太空計劃會比這個計劃更令人類激動，也沒有任何壹項計劃會比這個計劃對遠距離宇宙探索更重要。也沒有任何壹項計劃比登月計劃更昂貴、更具有挑戰性"。
1962年9月12日，肯尼迪在萊斯大學發表演講時說："沒有壹個國家期望成為其他國家的領導者，也不會甘心在太空競賽中落後。"我們現在選擇登月或做其他任何事情，不是因為它們容易，而是因為它們具有挑戰性"。
在與尼基塔-赫魯曉夫的第二次會晤中，他說服蘇聯人，費用分擔是有益的，而且美國人在太空項目上正在取得穩步進展。美國發射了壹顆同步地球衛星，並在國會通過了超過250億美元的阿波羅計劃預算。
1963年底，尼基塔-赫魯曉夫（Nikita Khrushchev）同意合作，但肯尼迪在協議生效前遇刺身亡。
1969年7月20日，肯尼迪遇刺近六年後，美國人終於登上了月球。