農村合作醫療不予報銷的範圍包括以下項目：因工傷、交通事故、醫療事故、司法鑒定、勞動鑒定、打架鬥毆、各種不孕不育、計劃生育手術和計劃外住院分娩、婚前檢查、犯罪行為、酒後鬧事等發生的醫療費用。近視矯正、氣功療法、音樂療法、保健療法、營養療法、磁療等非基本藥物和非補償性治療項目的費用。各種美容、健身項目以及腋臭等非功能性美容、矯形手術治療費用。假肢、假牙、眼鏡、助聽器等康復設備的費用。各種減肥、增重、增高等項目費用。各種自用保健、按摩、檢查和治療設備費用。農民合作社管理辦公室規定的其他不可報銷的醫療費用。農民合作社管理辦公室規定的其他不可報銷的醫療費用。只要不包括上述項目，都可以報銷。另外，合作醫療現在只是試點，如果要到其他地方就醫，必須征得當地合作醫療管理辦公室的同意。如果醫院不屬於定點報銷醫院，醫保是不能報銷的，醫保報銷除了在醫保定點報銷醫院就醫外，還需要看患者是什麽診療情況，並不是所有就診都能報銷，必須在醫保項目範圍內才能報銷。醫保報銷範圍內的住院，診療可以報銷，男科醫院也可以醫保報銷。
法律依據：
中華人民共和國***和國家社會保險法
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準，以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第三十條 下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍：
（壹）應當從工傷保險基金支付的；
（二）應當由第三方負擔的；
（三）應當由公共****health負擔的；
（四）到境外就醫的。依法應當由第三人負擔的醫療費用，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三方追償。