通常根據實際癥狀的標準來應用眼藥水。如果有幹眼癥，壹定要塗抹人工淚液的眼藥水來緩解幹眼癥，比如玻璃酸鈉或者聚乙二醇眼藥水。如果有感染性角膜炎或感染性炎癥，很可能必須使用抗感染藥物滴眼液，如細菌感染，可使用左氧氟沙星滴眼液進行抗菌治療。如果眼睛癢是皮膚過敏引起的，很有可能必須用抗過敏的眼藥水，比如奧洛他定眼藥水來緩解。如果是免疫相關疾病，如水皰性結膜炎，必須使用激素類藥物滴眼液，如米龍滴眼液。
用抗生素眼藥水治療長期近距離工作或使用電腦的人，在工作壹段時間後，也是壹種誤解。因為長期不科學的用眼通常是造成上述不舒服體驗的根本原因，並不是由病菌、病毒感染等細菌感染引起的。只有合理用眼，日常註意用眼衛生，才算是最本質的預防方式。這時候可以適量使用壹些抗眼疲勞的眼藥水來改善癥狀。
有時應用眼藥水可以治愈幹眼癥，緩解眼疲勞，甚至消炎，但不建議長期使用眼藥水。由於藥液中含有壹定量的防腐成分和抗生素成分，長期作用會對眼睛造成壹定的傷害，使眼睛對藥物產生依賴，從而使眼睛的自我修復作用及其自我調節作用在壹定程度上降低，甚至會對眼睛的視力造成壹定的傷害。所以平時可以多吃新鮮的水果蔬菜來補充眼睛缺乏的維生素。