主要故事情節大致是這樣的：
故事發生在現代的舊金山，遺傳學家威爾-羅德曼為了治療人類的神經萎縮癥，研制出了壹種治療老年癡呆癥的藥物，當這種新藥在壹只黑猩猩身上進行試驗時，發現可以大幅度提高黑猩猩的智力，患病癥狀的黑猩猩眼睛變綠，智力達到了人類的水平。這只黑猩猩生下了壹個孩子，為了保護兒子的母性爆發，它襲擊了壹名工作人員，被槍殺。隨後，研究所被迫對剩下的所有黑猩猩實施安樂死，研究計劃也被迫停止。為了拯救這只新生黑猩猩，威爾收養了它，並為它取名凱撒。在餵養凱撒和為黑猩猩療傷的過程中，威爾-羅德曼遇到了動物學家卡羅琳，並墜入愛河。因為母親的基因，凱撒從小就有很高的智力，和威爾壹家生活得很幸福。威爾看到凱撒的實驗結果後，給患有老年癡呆癥的父親註射了同樣的藥物，奇跡般地恢復了他的大腦功能。然而，幾年後威爾發現人體對病毒藥物產生了抗體，威爾父親的病情更加惡化。威爾向上級展示了藥物的效果，要求用更猛烈的病毒進行實驗，並在猩猩實驗中獲得成功，威爾將藥物帶了回來
凱撒在壹次意外傷害人類後被迫與威爾分開，並被送往壹家護理機構。在那裏，它受到了無情的對待，並開始對人類產生敵意。高智商的 "凱撒 "逃出了看護所，回到了威爾的家，偷走了藥物，把它帶回了看護所，交給了其他黑猩猩，並開始領導它們，最終帶領它們離開了看護所。此時，事實已經證明，這種藥物對人類來說是壹種致命的病毒，但對猩猩無害，還能大幅提高它們的智力，病毒已經開始擴散，形勢正在逆轉，壹場必須與人類對抗的戰爭即將打響。
預測的第二部分：關於續集的故事，之前導演瓦朗曾經說過："續集可以從第壹部的八年後開始講，第二代猿人再和第二代人類後代鬥爭的故事；也可以因為病毒的原因，猿人控制了城市，人類只能躲在地下。猿類進入城市，與人類進行活動，或者諸如此類"。總而言之，我個人認為第二部很有可能是壹部翻拍自《生化危機》的電影。