-、食品加工應用
酶制劑在食品工業中最大的用途是澱粉加工，其次是乳品加工、果汁加工、烘焙食品和啤酒發酵。與澱粉酶、葡萄糖異構酶、乳糖酶、凝乳酶、蛋白酶等多種酶有關的酶制劑占酶制劑市場的壹半以上。
目前，幫助和促進食品消化的酶制劑已成為食品市場發展的主要方向，包括促進蛋白質消化的酶制劑（菠蘿蛋白酶、胃蛋白酶、胰蛋白酶等）、促進纖維素消化的酶制劑（纖維素酶、多聚半乳糖酶等）、促進乳糖消化的酶制劑（乳糖酶）和促進脂肪消化的酶制劑（脂肪酶、酯酶）等。
二、在輕化工業中的應用
酶工程在輕化工業中的用途主要包括：洗滌劑制造（增強去汙能力）、皮毛工業、明膠制造、膠原纖維制造（粘合劑）牙膏和化妝品生產、造紙、感光材料生產、廢水廢物處理和飼料加工等。
三、醫藥應用
重組DNA技術促進了多種具有醫藥價值的酶的大量生產。用於臨床的各類酶制劑逐漸增多。酵素除了作為常規治療手段使用外，還可作為醫學工程的某些組成部分而發揮醫療作用。例如，在體外循環裝置中，利用酶來清除血液垃圾和防止血栓形成，以及體內酶控藥物釋放系統。此外，酶作為臨床體外檢測試劑，可以快速、靈敏、準確地測定體內某些代謝產物，也將是酶在醫療中的重要應用。
四、能源開發趵突泉
在世界發展新能源的趨勢下，利用微生物或酶工程技術從生物體中生產燃料也正在探索壹條新的途徑。例如，利用植物、農作物、林產品廢棄的纖維素、半纖維素、木質素、澱粉等原料，制造氫氣、甲烷等氣體燃料，以及乙醇、甲醇等液體燃料。此外，在石油資源開發方面，利用微生物作為石油勘探、二次采油、煉油等手段也是近年來國內外普遍關註的課題。
五、環境工程的應用
在科學技術發展的同時，環境凈化，特別是工業廢水和生活汙水的凈化，作為保護自然的壹項措施，具有十分重要的意義。
在現有的廢水凈化方法中，生物凈化往往是成本最低、最可行的方法。微生物的新陳代謝過程可以利用廢水中的某些有機物質作為所需營養的來源。因此，利用微生物體內的酶，可以將廢水中的有機物轉化為可以利用的小分子物質，同時達到凈化廢水的目的。人們利用基因工程技術創造出高效菌株，並采用固定微生物活細胞等方法，在廢水處理和環境保護方面取得了顯著成效。
此外，生物傳感器的出現為環境監測的連續化和自動化提供了可能，降低了環境監測的成本，增強了環境監管的力度。