根據上述職責，省衛生廳（省中醫藥管理局）設16個內設機構：
（壹）辦公室（外事處）。
組織綜合性政策調研，擬訂衛生工作重大政策；負責機關文電、機要、檔案、信息、財務、信訪、安全保衛工作；負責史誌編撰、新聞宣傳、政務公開、督辦督查；負責機關資產、後勤事務管理。組織開展醫療衛生系統對外技術交流與合作；承擔衛生援外的相關管理工作。
（二）人事處。
擬訂全省衛生人才發展規劃並組織實施；負責省屬醫療機構設立審核；負責機關、直屬單位的機構編制、人事管理、幹部管理工作及處級出國人員的政審工作；會同有關部門組織實施衛生系列高級專業技術職務任職資格評審；組織開展衛生系統管理幹部相關教育培訓工作；承擔衛生系統全省性表彰和社團組織管理的有關工作。
（三）規劃財務審計處。
擬訂全省衛生事業中長期發展規劃和專項建設規劃；統籌規劃與協調全省衛生資源配置，擬訂全省衛生裝備管理辦法和標準並組織實施；提出醫療服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策建議；擬訂全省衛生財務、基建管理規章制度和標準；組織協調省內藥品、醫療器械、醫用耗材的集中采購工作；負責全省衛生系統醫療技術信息工作；負責廳機關及直屬事業單位部門預算、醫療衛生資金和基建投資的管理；負責內部審計工作。
（四）法規處。
擬訂衛生法制建設規劃，起草地方性法規草案和規章；組織擬訂衛生政策和標準；負責行政復議、聽證、行政應訴工作；負責省衛生廳主管雜誌、期刊的審讀工作；負責機關有關規範性文件的合法性審核工作。
（五）突發公***衛生事件應急指揮中心辦公室。
負責指導協調全省衛生應急工作；擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導和組織開展突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；建立與完善衛生應急信息和指揮系統；組織開展衛生應急科學研究和應急知識教育。
（六）疾病預防控制處（黑龍江省愛國衛生運動委員會辦公室）。
擬訂全省重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施；完善重大疾病防控體系，預防和控制疾病的發生和疫情的蔓延；依法管理傳染病、地方病的防治工作，開展疾病監測，做好預警預測；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作，承擔省愛國衛生運動委員會辦公室、省防治艾滋病委員會辦公室、省地方病防治領導小組辦公室的日常工作。
（七）農村衛生管理處。
擬訂農村衛生事業發展規劃和政策措施；擬訂農村基本衛生保健規劃並組織實施；負責新型農村合作醫療的綜合管理工作，組織制定新型農村合作醫療制度政策；參與規劃並指導農村衛生服務體系建設；指導實施農村初級衛生保健、農村衛生人才培養、衛生支農等工作；指導地方依法開展鄉村醫生執業註冊與相關管理工作。
（八）婦幼保健與社區衛生處。
負責婦幼衛生、社區衛生工作，起草有關政策、規劃、規範並組織實施；依法對婦幼保健和生殖健康專項技術、衛生系統計劃生育技術服務實施監督管理；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；制定婦幼保健、社區衛生機構建設、人員崗位、技術服務和信息系統規範並組織實施；擬訂社區衛生服務體系建設規劃並指導實施。
（九）醫政處（醫療服務監管處與其合署）。
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、護理管理、采供血機構、血液安全和醫務人員管理等有關法規、政策、規範和標準並組織指導實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範並組織實施；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理；負責組織重大人員傷亡事件的緊急醫療救援工作。承擔醫療機構醫療服務的監管工作，組織制定醫療機構醫療服務監管辦法、方案並組織實施，建立全省醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務管理等方面的監督和評價工作；負責醫療事故的綜合管理；負責醫療廣告的監管；建立以公益性為核心的公立醫院監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（十）保健局
負責省委保健委員會確定的保健對象的醫療保健和預防保健工作；負責在我省召開的國際性、國家和省重要會議、重大活動的醫療保障工作；承擔黨和國家領導人、高級內外賓來黑龍江醫療保健和衛生防病工作；監管核銷省級幹部醫療保健經費；確定省直幹部醫療保健定點醫院，指導檢查幹部門診、病房和市地醫療保健工作；負責省委保健委員會辦公室的日常工作。
（十壹）藥物政策與基本藥物制度處。
貫徹執行國家基本藥物制度，組織實施藥品法典和國家基本藥物目錄，起草藥品和醫療器械臨床應用管理的地方性法規和省政府規章草案；參與擬訂國家基本藥物的采購、配送、使用的政策措施，提出國家基本藥物價格政策的建議。
（十二）科技教育處。
擬訂全省醫學科技、教育發展規劃並組織實施；組織督導醫學科研項目的實施；指導醫學科技成果的推廣應用和科學普及工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術人員崗位培訓工作；組織開展繼續醫學教育、畢業後醫學教育工作。
（十三）衛生執法監督處。
負責職業衛生、放射衛生、學校衛生、保健用品和生活飲用水及涉及飲用水衛生安全產品等監督管理工作；負責衛生監督隊伍綜合協調工作，組織開展衛生監督人員培訓；指導規範衛生行政執法工作；負責組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件，整頓和規範醫療服務市場。
（十四）食品安全綜合協調處。
參與起草食品安全監管的地方性法規和省政府規章草案，擬訂食品安全地方標準、食品生產經營企業的衛生條件和衛生規範、食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；依法組織開展對食品安全重大事故的查處；承擔食品安全監測、風險評估和預警工作；負責重大食品安全信息的統壹發布。
（十五）中醫醫政處（中醫科教處與其合署）。
擬訂全省中醫、中西醫結合、民族醫醫療和保健機構的醫療、護理從業人員及其技術應用的管理規範、標準並組織實施，對其它醫療機構的中醫業務進行指導。負責中醫醫療機構服務監管和藥物政策與基本藥物制度的貫徹執行。處理中醫醫療糾紛。擬訂和組織實施全省中醫藥科技和教育發展規劃；組織開展中醫科技活動；指導中醫教育管理。
（十六）中醫計劃財務綜合處。
擬訂並組織實施全省中醫藥事業長期發展規劃；負責中醫專項資金和重點項目管理、資產管理及承辦部門預決算的有關工作；參與中醫收費標準的制定與管理；組織開展全省中藥資源的普查，促進我省中藥資源的保護、開發和合理利用；承辦和擬訂中藥產業發展規劃和產業政策的有關工作；負責全省中醫日常的綜合管理工作。
機關黨委。按黨章規定設置，負責廳機關及在哈廳直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處。負責廳機關離退休幹部管理和服務，指導廳直屬單位的離退休幹部工作。
紀檢監察機構。為省紀檢委（監察廳）的派駐機構，人員編制、領導職數單列。