中華民國時期，各國藥品在中國競相傾銷，偽劣藥品充斥市場，1928年，孟目的受聘去南京負責組織編纂《中華藥典》。這部藥典主要是參照國外藥典編譯的，他在這項工作中做出了貢獻。首先，《藥典》這個名詞就是根據孟目的的建議定的。中國歷代的藥學經典著作通常稱“本草”或“局方”。他認為藥典是國家對藥品的質量標準和檢驗方法等制訂的技術規定，這些規定具有法律性質的約束力，是國家對藥品所訂的法典，所以定名“藥典”最宜。這個名詞為醫藥界公認，壹直沿用至今。其次通過對藥典的編寫，初步統壹了藥品名稱。他查考了中國的壹些詞匯，並結合制劑的特點和拉丁名的音節，對壹些常用的制劑劑型名稱，擬定了簡練的專門名詞術語。
中華人民***和國成立初期，中央衛生部隨即研究編訂國家藥典問題，從上海調孟目的來北京籌組藥典委員會，組織編訂新中國藥典。孟目的積極認真，及時準備會議材料，特別是與新藥典品種有關的資料。1950年4月和8月，先後在上海和北京舉行藥典工作座談會，確定藥典收載品種和原則等。限於當時歷史條件，新藥典僅收載了28種中藥。孟目的親自草擬有關生物測定法，並對各類藥品的草案都逐字逐句仔細推敲修改。他還在周總理接見時提出建議：“為使標準有復核基地，並能切實貫徹執行，應建立健全藥品檢驗機構”。1950年，成立中央藥品檢驗所，孟目的被任命兼所長。為了使藥典規定的標準和檢驗方法切實可行，他搜集各地樣品，在該所組織復核試驗後進行必要的修改。《中華人民***和國藥典》於1953年定稿出版，他為了集思廣益，使國家藥典盡可能切合實際，通過中國藥學會通知各省市的分會組織會員學習藥典並提出修訂意見。1957年，根據各地意見出版了《中國藥典》1953年版第壹增補本。1953年後全國各省市陸續設置藥品檢驗所，逐步形成藥品監督檢定網。壹方面根據藥典規定監督檢定藥品質量；另壹方面，通過檢驗發現問題進行研究，提供修改藥典的科學數據資料和改進的檢驗方法。
1957年，藥典委員會改組，孟目的擔任主管業務的副主任委員，著手組織編訂《中國藥典》1963年版。這版藥典基本上是結合中國生產、使用等實際，並第壹次收載了廣大人民習用的具有中國特點的中藥材和中藥成方。這版藥典分壹、二兩部，收載各類藥品及制劑1310種（其中中藥材446種，中藥成方197個），在反映中國醫藥科學研究和生產的發展、整理祖國醫藥並使之逐步標準化等方面，都有了很大的改進和提高。
“文化大革命”期間，藥典委員會名存實亡。孟目的也受到較長時間的沖擊，雖然他不能直接參與《中國藥典》1977年版工作，但對藥典工作仍十分關心，經常通過他的學生詢問了解情況，主動提供意見和辦法。1979年，經國務院批示恢復藥典委員會，孟目的仍被聘任副主任委員。同年12月，召開藥典委員會擴大會議，82歲高齡的孟目的曾多次扶杖出席會議，繼續不遺余力地為編制國家新藥典貢獻力量。