醫保報銷流程如下：
1、在本地住院的職工生病住院，應在繳費單位所在的醫保定點醫院住院，住院時需醫保、醫保本直接到醫院的醫保科結算，結算時自動報銷基本醫療費用；
2、在外地住院的職工因出差或長期在外地工作生病且必須是急診的，可在本地醫院住院，但要在三天內向市醫保局監督科申報；
3、轉外地就醫的，在繳費所在單位住院未見效或醫院醫生建議轉外地就醫的，必須是定點醫院、中心醫院和市人民醫院，開具轉診轉院函和相關檢查材料到醫保局監督科審核批準後方可轉院。
轉診轉院後，醫保經辦機構要對轉診轉院的相關材料進行審核，審核通過後方可辦理轉診轉院手續。
綜上所述，甲流住院患者，在用藥和醫保診療項目範圍內發生的所有醫療費用，醫保基金按壹定比例給予報銷。
法律依據：
《中華人民共和國社會保險法》
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目和醫療服務設施標準以及急診搶救的醫療費用，由基本醫療保險基金按國家規定支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。