2002年，輔仁集團成立了自己的研發公司輔仁醫藥，成為國內為數不多的醫藥研發企業之壹。
經過幾年發展，該公司已擁有國家認定的企業技術中心、博士後科研工作站和河南省重要藥物制備工程技術中心，建有設備先進、功能齊全、國內壹流的化學藥物設計、合成篩選，重要有效成分提取，藥物制劑研究、質量研究、活性評價等實驗室。經國家發改委批準，建有國內壹流的中藥有效成分提取、純化和藥物制劑中試平臺，經科技部批準，建立了多功能的化學藥物制備中試技術平臺，構成了小試研究、中試研究、產業化的完整技術創新體系。
輔仁集團自主開發了頭孢匹胺鈉、硫酸頭孢匹羅、替卡西林等10多個化學藥新產品；開發了國家中藥保護品種，如益心通脈顆粒、參芪健胃顆粒、小兒清熱寧顆粒，以及擁有自主知識產權的中藥註射劑，如補骨脂註射液、復方半邊蓮註射液、雞矢藤註射液等，國家壹類抗癌新藥OGP46已經完成臨床前研究工作。
現在，以小兒清熱寧顆粒、益心通脈顆粒、參芪健胃顆粒、齒痛消炎靈顆粒等為主導的產品贏得了良好的市場口碑，銷量逐年增長。同時，在集團研發公司的帶領下，輔仁堂的益心通脈顆粒、齒痛消炎靈顆粒、清熱解毒顆粒（無糖型）等近千個產品的質量標準起草完成，這些質量標準不僅被載入《中國藥典》，更在中國醫藥行業起著示範作用，贏得業界的尊重。