（壹）推進醫藥衛生體制改革。擬訂全市衛生改革與發展的戰略目標、規劃和政策，貫徹執行衛生、食品安全、藥品、醫療器械相關法律法規和政策，擬訂全市實施意見和有關規章、標準和技術規範並組織實施。
（二）貫徹執行國家和省基本藥物制度、藥品法典、國家基本藥物目錄和國家藥物政策，監督管理藥品、醫療器械招標采購活動。
（三）承擔食品安全綜合協調責任，組織查處重大食品安全事故，負責食品及相關產品安全風險評估、預警，執行國家和省食品安全檢驗機構資質認定條件和檢驗規範，統壹發布全市重大食品安全信息。
（四）統籌規劃和協調全市衛生資源配置，指導區域衛生規劃的編制和實施。
（五）組織擬訂並實施農村衛生發展規劃和政策措施，負責全市新型農村合作醫療的綜合管理工作。
（六）組織擬訂並實施社區衛生、婦幼衛生發展規劃和政策措施，規劃和指導社區衛生服務體系建設，負責婦幼保健、社區衛生綜合管理和監督。
（七）負責全市疾病預防控制工作，擬訂並組織實施嚴重危害人群健康的重大疾病和疾病預防控制規劃和措施，落實國家、省免疫規劃和政策措施，協調有關部門實施重大疾病預防控制和幹預措施，落實預防為主的方針，指導全民健康教育工作。
（八）負責衛生應急工作，擬訂衛生應急預案和政策措施並組織實施，承擔突發事件衛生監測預警和風險評估責任，指導實施突發事件衛生防控和應急處置，受委托發布突發事件衛生防控和應急處置信息。
（九）貫徹執行國家和省促進中醫藥事業發展的法律法規和規章，起草全市實施意見，組織制定中醫藥中長期發展規劃並納入全市衛生發展總體規劃和戰略目標，對全市中醫藥工作實施行業管理。
（十）指導規範衛生行政執法，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公共****、生活飲用水衛生安全的監督管理，負責傳染病防治的監督管理。
（十壹）負責全市醫療機構醫療服務的全行業監督管理，指導實施醫療機構醫療服務、技術、醫療質量和采供血機構管理的政策、規範和標準，實施醫療機構和從業人員執業許可制度，建立全市醫療機構醫療保健服務評價和監督體系，組織協調全市無償獻血工作，依法監督管理血站。采供血和臨床用血質量。
（十二）組織制定醫藥衛生科技發展規劃，指導醫藥衛生科技成果轉化和應用，指導實施國家、省、市醫藥衛生重點科研項目，參與制定醫學教育發展規劃，組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）承擔市愛國衛生運動委員會的具體工作。
（十四）指導全市醫療衛生人才隊伍建設工作，組織擬訂全市醫療衛生人才發展規劃，組織開展醫療衛生職業道德建設，加強行業作風建設。
（十五）負責衛生對外合作交流和衛生援外相關工作。
（十六）負責市幹部保健委員會確定的保健對象的保健工作，負責醫療衛生工作的重要會議和重大活動。
（十七）承擔市政府公布的有關行政審批事項。
（十八）承辦市政府交辦的其他事項。 自貢市衛生局機關行政編制28名，其中：局長1名，副局長3名，機關黨委專職書記1名（副縣級），市愛國衛生運動委員會辦公室主任1名（副縣級）；科級領導職數10名，副科級領導職數1名。機關工勤崗位人員控制數3名。
市紀委、市監察局派駐紀檢、監察機構人員編制2名，其中：紀檢組長1名（副縣級），監察室主任1名（正科級）。