衛生部的職責、內部結構和人員編制主要調整如下:
第壹，明確衛生部管理國家美國食品藥品監督管理局和國家中醫藥管理局。
第二，調整部分職責。將食品安全綜合協調和組織重大食品安全事故調查處理的職責由國家美國食品藥品監督管理局劃入衛生部；將衛生部的食品衛生許可、餐飲業、食堂等消費領域食品安全監管、保健食品和化妝品衛生監督管理職責劃入國家美國食品藥品監督管理局；將健康產業科技成果鑒定和各類產品技術評估分別交給市場中介組織和機構；同時，增加衛生部組織制定食品安全標準和藥品代碼的職責，建立國家基本藥物制度，強化衛生部對醫療服務和公立醫療機構的監管責任。
第三，調整壹些內部機構。在衛生部原有內設機構的基礎上，增設醫療服務監管司和藥品政策與基本藥物制度司，將衛生監督局調整為食品安全綜合協調與衛生監督局，增加部分行政編制。
第四，明確相關部門在食品安全監管中的職責分工。“三個決定”明確規定，衛生部牽頭建立食品安全綜合協調機制，負責食品安全綜合監管；農業部負責農業生產環節的監管；國家質檢總局負責食品生產加工和進出口食品安全的監管；國家工商行政管理總局負責食品流通監管；國家美國食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費領域的食品安全監管；衛生部負責食品安全綜合協調，組織重大食品安全事故的調查處理。國務院要求，各部門要密切配合，形成合力，做好食品安全監管工作。
根據新“三定”規定，衛生部的職責發生了重大變化。明確將國家美國食品藥品監督管理局改為衛生部，理順了醫藥之間的工作關系，實現了公共衛生、醫療服務和藥品保障管理職能的統壹整合，對於整合醫療衛生資源、實現藥品統壹管理、推進醫藥衛生體制改革具有重要意義。此次改革強化了衛生事業的宏觀管理、法制建設和綜合協調，以及醫療服務和醫療機構的監管責任，將餐飲領域食品安全、保健食品、化妝品的市場監管責任委托給國家美國食品藥品監督管理局，對轉變政府部門職能、推動衛生改革發展將產生深遠影響。