根據上述職責，省食品藥品監督管理局設11個內設機構：
（壹）辦公室。
負責機關文電、會務、保密、信訪、安全保衛、檔案及統計管理等工作；負責機關日常工作的綜合協調；承擔督辦檢查、政務公開、宣傳報道、新聞發布、信息網絡建設管理等工作；負責對外合作與交流。
（二）政策法規處。
組織實施行政執法責任制，承擔行政執法監督工作；參與起草地方性食品藥品監督管理有關法規、規章草案；承擔規範性文件的審核及監督工作；承擔有關行政復議、行政應訴和聽政等工作；指導本系統法制建設工作。
（三）食品許可處。
承擔餐飲服務許可及保健食品、化妝品衛生許可管理工作;監督實施國家餐飲服務許可及保健食品、化妝品衛生許可有關規範；擬訂地方餐飲服務許可及保健食品、化妝品衛生許可有關規範並監督實施；承擔保健食品及化妝品新原料使用、國產特殊用途化妝品生產等審核工作；負責保健食品廣告審批。
（四）保健食品化妝品監管處。
監督實施國家保健食品、化妝品衛生標準和技術規範；監督實施國家保健食品、化妝品生產經營有關監督管理規範；擬訂地方保健食品、化妝品生產經營有關監督管理規範並監督實施；承擔有關保健食品、化妝品不良反應監測和安全性評價工作；擬訂保健食品、化妝品安全監管信息發布辦法，定期向社會公布相關信息。
（五）餐飲服務監管處。
承擔餐飲服務環節食品安全監督管理工作；監督實施國家餐飲服務環節食品安全管理規範；擬訂地方餐飲服務環節食品安全管理規範並監督實施；承擔餐飲服務環節食品安全狀況調查和監測工作，發布餐飲服務環節食品安全監管信息。
（六）藥品註冊處（中藥民族藥監管處）。
負責藥品、直接接觸藥品包裝材料和容器註冊審核；擬訂中藥飲片炮制規範和地方藥材標準、醫療機構制劑標準，負責醫療機構制劑註冊審批；監督實施非處方藥物目錄；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床實驗質量管理規範；組織實施中藥品種保護制度。
（七）醫療器械監管處。
監督實施醫療器械產品國家標準、行業標準和醫療器械國家分類管理目錄；承擔Ⅱ類醫療器械產品註冊審批和Ⅰ類醫療器械產品註冊的監督管理；監督實施醫療器械生產、經營及Ⅱ類醫療器械臨床實驗質量管理規範；承擔醫療器械生產、經營許可審批；組織開展醫療器械不良事件監測、再評價和淘汰工作；負責醫療器械廣告審批、備案。
（八）藥品安全監管處。
監督實施國家藥品、地方藥材、醫療機構制劑標準和質量管理規範；監督實施國家直接接觸藥品的包裝材料、容器藥用要求及標準；負責藥品生產、醫療機構制劑、放射性藥品醫療機構使用許可；監督管理麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品、藥品類易制毒化學品、戒毒藥品、反興奮劑條例包含藥品的生產及原料藥購用；組織開展藥品不良反應、藥物濫用監測工作，負責藥品再評價和淘汰藥品審核工作；提出國家基本藥物目錄建議。
（九）藥品流通監管處。
監督管理藥品經營企業，負責藥品批發經營許可；監督實施藥品經營質量管理規範和藥品分類管理制度；會同有關部門負責藥品招標采購代理機構資格認定及招標行為的監督，監管藥品使用單位藥品采購、貯存；負責藥品廣告審批、備案，負責互聯網絡藥品信息服務資格的核準；負責麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品、反興奮劑條例包含藥品經營許可和監督管理。
（十）人事教育處。
負責機關、直屬單位的機構編制和幹部人事管理工作；制定本系統幹部培訓計劃並組織實施；監督實施執業藥師及相關涉藥從業人員資格準入制度，負責執業藥師註冊管理工作；負責機關、直屬單位出國人員政審工作。
（十壹）規劃財務審計處。
擬訂本系統基礎設施建設、裝備中長期規劃並組織實施；制定系統專項經費和裝備的財務管理制度並監督實施；制定機關和直屬單位財務管理制度並組織實施；承擔本系統有關行政事業性收費的監督管理工作；負責機關、直屬單位財務審計和本系統專項經費跟蹤審計工作。
機關黨委。按黨章規定設置，負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處。負責機關離退休幹部管理和服務，指導直屬單位的離退休幹部工作。