醫院和藥店藥品價格存在差價的原因，有三個：壹是服務對象不同，二是運行體制不同，三是藥品結構不同。
首先，醫院和藥店的服務對象不同。醫院的服務對象是病人，本著治病救人的原則，醫生給病人開的藥都是以能快速有效地治好其疾病為目的，對藥物的藥效等各方面的要求都比較高。因此，醫院所用的藥，首先要考慮安全性和有效性，而具有這兩種特性的藥物，在材料和制作工藝上往往會更加復雜，因此成本高了，價格也會相對增加。藥店的服務對象是大眾，只要妳有需求，只要藥店有得賣，妳都可以去買。藥店本身也會以買賣為前提，降低自己的成本，選擇具有同樣效果，但成本較低的藥物。
其次，醫院和藥店的運行體制不同。醫院是政府實行壹定福利政策的社會公益事業機構，為了讓患者放心看病、安心治病，會在醫療設施和醫務人員配備上下很多功夫，醫院在配備藥物的時候也會經過很多環節，無形之中增加了成本，而且由於政府對醫院的資金投入有限，醫院對價格不具備靈活性。藥店是獨立法人的經濟實體，采購藥物的成本和運行成本與醫院不同，也可以靈活調整價格和營銷策略，實現薄利多銷。
最後，醫院和藥店的藥品結構不同。醫院不單單是給病人開藥，為了更好地預防和治療疾病，還需要不間斷地研制新藥，並且經過全方位的臨床實驗，讓新藥得以發揮效果。此外，病人在醫院開藥，也得到了專業醫生的指導。考慮到這方面的成本，國家也會相應地把醫院的藥價調高壹點。相比較之下，藥店就顯得比較利益，多售賣成本低的藥物，以及常用藥，以量取勝，讓消費者誤以為藥店的藥價格比醫院的便宜。
藥改之前，“吃不起藥”是很多需要長期吃藥的慢性病患者的心頭痛。藥改之後，情況有所好轉，不少常用藥降價，給老百姓帶來了福音。
2015藥改，藥品進入付費者議價時代，國家取消絕大部分藥品政府定價，發改委從此從中國的藥價管制領域出局。這壹場藥改，通過市場競爭，改變了藥品價格形成方式。取消藥品價格天花板，制定合理的醫保支付方式，通過市場行為，引導藥品價格形成。“醫保支付價：釜底抽薪，逼著醫院主動降藥價”、“二次議價：曲線廢止招標管制”、“網售處方藥放開：關鍵時刻，需要市場臨門壹腳”這些措施落地，意味著政府對藥品不合理管制松動。