1.基本醫保：如果是進口的幹擾素，則通常沒有進入醫保報銷藥品目錄，因此是不可以報銷的；而國產幹擾素則已經進入醫保藥品目錄中，因此可以報銷，包括用於治療肝病的長效幹擾素是可以用基本醫保進行報銷的，不過有療程限制。通常情況下，醫生在開單的時候，會告知病人幹擾素是否可以用醫保報銷，或者病人也可以自行詢問醫生；
2.商業醫療保險：如果是在住院期間產生的合理且必要的醫療費用，也就是被保險人在住院期間必須使用到醫院的幹擾素進行治療，則商業醫療保險可以予以報銷。否則的話，就還需要看該商業醫療保險是否提供了特藥保障，如果有特藥保障，而且其特藥目錄中包含了幹擾素，則意味著該商業醫療保險可以對幹擾素進行報銷，如果沒有特藥保障，或者並非是在住院期間在醫院購買的幹擾素，則不予報銷。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條 參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
第三十條 下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍:
（壹）應當從工傷保險基金中支付的；
（二）應當由第三人負擔的；
（三）應當由公***衛生負擔的；
（四）在境外就醫的。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三人追償。