要看具體情況來分別對待：如果是藥品質量問題可向藥監局投訴，如藥品價格問題請向物價局（現好像歸並到發改局），如是在藥店裏購買的其他類物品（如百貨）可向工商局投訴，如是醫保卡問題可向勞保局投訴，如是坐堂行醫問題可向衛生局投訴。另外，如不知道具體投訴到那個部門，建議可將問題直接投訴到當地消委會，會給具體指引。
可以通過撥打12331進行舉報，12331是國家食藥監局要求各地開通的食品藥品投訴舉報電話，在接到投訴後全部辦結的期限壹般為60個工作日，情況復雜的，延長期不得超過30個工作日。12331是全國開通統壹的食品藥品監管部門投訴舉報電話。除電話外，單位、個人可通過信件、互聯網、傳真、走訪、手機短信等方式，向監管部門反映藥品、醫療器械、保健食品、化妝品在研制、生產、流通、使用環節的違法行為，以及餐飲服務環節食品安全違法行為。依據我國相關法律的規定，患者在購買藥品時，如果藥品有質量問題的，可以作為消費者進行投訴的，而投訴的部門可以是藥品監督管理部門也可以是消委會。
消費者和經營者發生消費者權益爭議的，可以通過下列途徑解決：
(壹)與經營者協商和解；
(二)請求消費者協會或者依法成立的其他調解組織調解；
(三)向有關行政部門投訴；
(四)根據與經營者達成的仲裁協議提請仲裁機構仲裁；
(五)向人民法院提起訴訟。消費者投訴可以采取電話、信函、面談、互聯網形式進行。
但無論采取哪種形式，都要有以下內容：
(壹)投訴方及被投訴方基本情況。
(二)具體的投訴內容。損害事實發生的過程及與經營者交涉的情況；
(三)具體的證據。消費者有義務提供與投訴有關的證據，證明購買、使用商品或接受服務與受損害存在因果關系。消費者協會壹般不留存爭議雙方提供的原始證據(原件、實物等)；
(四)具體的投訴請求；
(五)投訴的日期。
法律依據：
《中華人民***和國藥品管理法》
第十二條國家建立健全藥品追溯制度。國務院藥品監督管理部門應當制定統壹的藥品追溯標準和規範，推進藥品追溯信息互通互享，實現藥品可追溯。國家建立藥物警戒制度，對藥品不良反應及其他與用藥有關的有害反應進行監測、識別、評估和控制。
第九十九條藥品監督管理部門應當依照法律、法規的規定對藥品研制、生產、經營和藥品使用單位使用藥品等活動進行監督檢查，必要時可以對為藥品研制、生產、經營、使用提供產品或者服務的單位和個人進行延伸檢查，有關單位和個人應當予以配合，不得拒絕和隱瞞。藥品監督管理部門應當對高風險的藥品實施重點監督檢查。對有證據證明可能存在安全隱患的，藥品監督管理部門根據監督檢查情況，應當采取告誡、約談、限期整改以及暫停生產、銷售、使用、進口等措施，並及時公布檢查處理結果。藥品監督管理部門進行監督檢查時，應當出示證明文件，對監督檢查中知悉的商業秘密應當保密。