氨氮的主要來源是沈入池底的飼料、魚類的排泄物、肥料和死亡動植物的殘骸。魚類的含氮排泄物中約有 80% 至 90% 是氨氮。當水中的氨氮積累到壹定濃度時，就會引起魚類中毒。如果發現池水中氨氮超標，可以用甲醛、增氧劑、雙氧水或過氧化鈣，以及次氯酸鈉、沸石粉或活性炭等拌池土投放。
通常情況下，先試用解毒水或清毒水分解水體中的大分子有機物，再試用清底網等改底產品，分解沈積在池塘底部的有害物質。調節好水質後，需要定期使用小球藻源、枯草芽孢桿菌等肥料穩定水質。此外在高溫天氣還需經常加註新水，保持水體底層溶氧充足。同時，每半個月定期施用復合微生物制劑和有機生物復合肥，降低水體中的氨氮，分解底質中的有機廢物，抑制氨氮產生。水體要施用消毒藥進行殺菌消毒，以防止病菌感染和細菌性魚病交叉感染做好這些步驟，池塘的水質基本不會差。
磷酸鹽對魚沒有毒性。但是，高磷酸鹽會導致水中藻類大量繁殖，間接影響魚類生長。(藻類過多會消耗水中大量氧氣，不利於魚類生長）。
降低磷酸鹽含量的方法
如果磷酸鹽含量過高，可以使用以下方法來降低：
換水：大量換水可以迅速降低水中的磷酸鹽含量。但是，如果磷酸鹽含量過高的源頭沒有被清除，換水只能是暫時的解決辦法。
池塘清潔：清除淤泥可以有效降低磷酸鹽含量。
水處理：使用某些磷吸附劑和除磷化學藥劑可以有效減少水中的磷酸鹽，但這種方法主要用於水族館和小型魚塘。