行政管理部
協助領導處理日常工作，協調內外關系和黨政務工作；組織、承辦和協調綜合性會議及重要活動；負責綜合性文件的起草與審閱；負責文秘、檔案、人事、勞動、職稱申報、政務公開、接待和處理人民來信來訪等工作；檢查督促單位內部管理及各項制度的執行落實；做好單位內部信息網絡維護工作；負責中心財務和物價管理和日常經費收支和管理工作。負責基建、房屋、家具等固定資產管理工作；做好車輛調度和車輛管理；負責設備的管理及維護維修；負責生產安全管理工作，對執行情況進行督促檢查；負責中心經常性衛生工作、愛衛工作、綠化工作及集體宿舍的管理等工作；開展對中心三產及房屋租賃的安全規範管理工作；協助做好其他有關工作。
應急辦公室部
對全市各類公***衛生突發事件的應急處置進行指揮協調，並收集相關信息；負責國內外重大突發公***衛生事件信息的收集、分析；負責各類突發公***衛生事件應急預案的制定、培訓並組織演練等；協助做好其他有關工作。
質管科教科
依據全國疾病預防控制機構工作規範和實驗室認可準則及計量認證評審準則要求，制定中心質量、技術管理工作計劃，組織檢查督促，進行質控評價、工作總結；編制中心《質量手冊》、《程序文件》和《作業指導書》，及時掌握國內、外檢驗檢測標準，做好內控管理工作；組織開展機構績效考核工作的督查；組織質量管理培訓，指導本單位及基層單位質管工作；負責樣品受理工作，編制、審查檢驗檢測報告及報告的收集、存檔；負責中心科研、職教、人才培養管理工作；負責新技術、新項目的審定和組織實施科研成果申報，為推廣科研成果轉化服務；協助做好其他有關工作。
急傳性艾科
負責全市急性傳染病防治工作和性病艾滋病防治工作計劃制訂,並組織實施；全面掌握本市法定傳染病的流行歷史與現狀, 對主要傳染病進行系統監測；對本市主要急性傳染病防治的實施情況進行檢查總結和效果評估；在發生急性傳染病疫情(暴發)或重大災害時,及時采取緊急處置和控制措施，組織、指導對疫區、疫點的調查處理工作；定期檢查指導下級疾控機構的傳染病防治工作；負責開展艾滋病防治工作；按要求開展消殺、學校衛生等工作。協助做好其他有關工作。
免疫規劃科
組織實施全市計免規劃；做好我中心計免門診的管理，並指導鄉鎮開展規範化門診建設；負責冷鏈管理和預防用生物制品供應、貯存和管理工作；負責全市計免專業知識的培訓；開展全市計免工作的檢查總結和效果評估；協助做好其他有關工作。
血寄地慢防治科
負責制定全市重點慢性非傳染性疾病的預防控制計劃、方案和措施，並組織實施，對工作進行檢查總結和效果評估；負責開展慢性病患病、行為危險因素專項調查和死因監測。負責制定慢性病綜合防治與幹預措施，並進行實施效果評價；負責全市血吸蟲病、寄生蟲病、地方病防治工作計劃制定，並組織實施，對工作進行檢查和總結；負責對下級疾控機構和基層防保機構的業務指導與培訓工作；協助做好其他有關工作。
結核病防治科
負責制定我市結核病預防控制計劃，並組織實施，對工作進行檢查總結和效果評估；認真開展全球結核病基金等項目工作；負責對醫療機構開展定期檢查和業務指導，督促其完成既定工作任務；協助做好其他有關工作。
食衛環衛科
負責食品衛生、公***場所衛生、飲用水衛生、醫院汙水、化妝品等健康危害因素監測工作計劃的制定和組織實施，並對工作進行檢查總結和效果評估；做好鄉鎮健康證受理和核發工作；做好食物中毒、飲用水汙染、災區環境衛生等公***衛生突發性事件處理；做好各類重大保障工作；協助做好其他有關工作。
職業衛生科
負責職業衛生、放射衛生監測和職業病防治工作計劃的制定和組織實施，並對工作進行檢查總結和效果評估。負責建設項目職業病危害預評價和控制效果評價；完成上級部門要求的各類危害因素企業監測任務，並及時反饋情況；負責農藥中毒事件的報告與管理工作；做好急性職業中毒、放射汙染等突發公***衛生事件的處理和救援工作；負責對下級疾控機構的業務培訓和技術指導工作；協助做好其他有關工作。
衛生檢驗科
承擔食品及食品相關產品、水質及涉水產品、化妝品等健康相關產品、公***衛生、學校衛生、消殺、慢病、血寄地防、傳染病防治等各類健康相關因素檢驗檢測；承擔從業人員、上崗人員健康體檢及門診臨床檢驗項目的檢驗工作；承擔突發公***衛生事件檢驗檢測等工作；協助做好其他有關工作。
預防臨床科
開展性病等診療服務；開設艾滋病免費自願咨詢檢測；開展動物咬傷診療，狂犬疫苗、免疫球蛋白、乙肝疫苗等接種服務；開展法定健康體檢及健康證發放工作；協助做好其他有關工作。
體檢中心
開展全市工業企業接觸職業病危害職工的職業健康檢查工作，並負責開展相關健康體檢評價工作；協助做好其他有關工作。