具體規定見國家衛生計生委辦公廳《關於印發城鄉居民基本醫療保險（新型農村合作醫療）跨省就醫聯網結報定點醫療機構操作規範（試行）》的通知：
第三條 新農合跨省就醫聯網結報定點醫療機構（簡稱定點醫療機構）是指由各地衛生計生委向國家衛生計生委申報，由國家衛生計生委審核，可為新農合跨省轉診患者提供聯網結報服務的定點醫療機構。
第五條 在參合患者跨省就醫時，定點醫療機構應當按照本院業務流程及時為轉診參合患者提供診療服務。
第六條 轉診患者應當經過門診接診,由門診醫生根據病情為符合入院指證的患者開具入院證明。
第七條 患者接到入院通知後持入院證明到指定窗口辦理入院登記，主動告知轉診身份，並出示跨省就醫轉診單、身份證、農合卡（證）等材料。攜帶材料不全的應當告知患者帶齊全部資料後方可享受跨省聯網結報待遇。
第十三條 跨省就醫聯網結報轉診患者到定點醫療機構指定窗口辦理出院結報手續。
第十四條 定點醫療機構醫務人員對參合患者的住院資料進行審核，審核的主要內容：
（壹）參合患者身份審核，審查是否屬借證或冒名頂替；
（二）檢查農合卡（證）、身份證、轉診單是否齊全、規範；
（三）用藥、檢查、收費、診療是否合理，出院帶藥是否規範；
（四）醫療費用審核標準參照就醫地新農合（或醫保）藥品目錄、醫保診療項目、服務設施目錄及醫保及物價收費政策；
（五）其他跨省就醫聯網結報協議規定事項。
第十五條 定點醫療機構審核完畢後，應當及時辦理參合患者住院費用結報手續。
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