我國醫療機構抗菌藥物管理存在的***性問題是：
1、抗菌藥物管理不嚴格，臨床用藥不合理。抗菌藥物的不合理應用可引起病菌的耐藥性增加，甚至可形成多重耐藥性，從而增加疾病的治療難度。很多醫院抗菌藥物應用仍存在較多問題，包括抗菌藥物考核核心指標不符。
如抗菌藥物使用率及使用強度、微生物標本送檢率、藥物劑量過大或過小、藥物品種選擇不當、使用指征掌握不明確、預防感染療程不當、使用掌握時機不當等。
除抗菌藥物應用不合理外，很多醫院臨床藥物應用上也存在其他不合理現象，比如輔助用藥使用適應癥超說明書範圍和超療程使用、糖皮質激素無指征使用、藥物劑量不合理、配伍不合理、溶媒選擇不當等。
2、特殊管理藥品管理不嚴格。特殊管理藥品壹直是醫院藥事管理的重點，也是難點，如特殊藥品儲存應用時。
未按照相關標準實行雙人驗收、雙人復核、專櫃、雙人雙鎖等管理制度以及如何做到賬物相符、藥品批號追蹤、空安瓿的回收等，壹些管理人員風險意識、責任心不夠強，在特殊藥品管理中不能及時發現和解決相關問題。
3、部分醫院藥事管理制度存在問題。在實際應用中，很多醫院的藥事管理制度更新存在滯後現象，對於壹些新藥的管理還存在空缺。
同時壹些醫院的藥事管理制度不夠完善，影響藥品管理質量。另外還有壹些醫院藥事管理制度雖然較為健全，但管理執行力度不足。
4、壹些醫院信息化建設不足，相應的監管無法及時跟上。
如臨床藥師日常工作缺少相應的信息系統支持，這將導致工作效率低下，也不能做到監控全程覆蓋，不利於實時監控醫院用藥指標，如藥占比、抗菌藥物使用各項考核指標等。