根據上述職責，市衛生局設13個內設機構，其中綜合處室6個（與市食品藥品監督管理局綜合處室合署辦公），單獨設置的職能處室7個。 1.辦公室（國際合作處）
承擔部門重要文稿起草工作；負責機關文電、會務、機要、文書檔案、保密、督查督辦、信訪、政務公開、後勤接待、年鑒、編誌、行政事務協調和統計工作；牽頭組織提案建議辦理工作；負責國際交流與合作工作；協調組織對口支援和南北掛鉤工作。
2.組織人事處
統壹負責市衛生局、市食品藥品監督管理局部門及直屬單位的機構編制、組織、人力資源、統戰和知識分子工作；擬訂醫藥衛生和食品藥品人才發展規劃和政策；負責指導直屬單位離退休幹部工作；負責局機關及其派出機構和直屬單位局管幹部的培養、選拔（選聘）、監督和管理，承擔直屬單位領導班子建設工作；負責部門及直屬單位領導幹部檔案管理工作；牽頭組織部門內部考核工作；負責專家選拔工作；組織實施全市醫藥衛生及食品藥品專業技術人員的職稱考評、資格認定等工作；負責表彰工作；負責部門及直屬單位人員出國（境）工作；負責機關群團工作。
3.宣傳教育科技處
負責宣傳黨的醫藥衛生工作方針、政策和法律法規；負責擬訂並組織實施行業思想政治工作和職業道德計劃；負責文明行業創建工作；負責指導行業內文明單位創建工作；負責部門及行業宣傳、信息、新聞發布、新聞報道工作；負責部門網站內容的審核工作；牽頭擬訂醫藥衛生食品藥品科技發展規劃並組織實施；負責系統、行業業務培訓工作及繼續教育工作；組織實施衛生、藥學（藥品）專業技術人員崗位培訓工作；牽頭組織住院醫師規範化培訓、繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；組織實施執業藥師資格準入制度，負責執業藥師資格註冊工作；負責藥學（藥品）專業人員執業註冊管理工作；組織實施重點衛生科研攻關項目，指導醫學科技成果的推廣和科普工作；會同審核醫學科研機構的建立和調整事宜；負責醫藥衛生類學術團體的業務聯系工作。
4.政策法規與行政許可服務處
擬訂醫藥衛生地方性法規、規章草案；承擔機關規範性文件合法性審核及評估、清理工作；負責機關及分局行政處罰案件的審核工作；指導規範衛生行政執法工作；承擔行政執法監督工作；承辦相關行政復議受理、聽證和行政應訴工作；負責重大行政處罰案件的審查、聽證和備案工作；組織開展有關法律法規的宣傳教育及培訓工作；會同市安監局、人保局等有關部門擬訂職業病防治地方性法規、規章；組織開展職業病防治法律法規和防治知識的宣傳教育工作；負責餐飲服務環節食品安全、保健食品生產及經營、藥品零售及批發經營、醫療器械生產及經營的許可工作；負責化妝品生產行政許可，根據授權負責保健食品和有關化妝品的註冊審核工作；承擔職業健康檢查、職業病診斷的醫療機構和專業人員的審批工作。負責部門行政許可服務及行政審批事項。
5.信息處
擬訂衛生及食品藥品監管信息工作規劃並組織實施；負責信息化建設具體工作；協調、指導、推進行業信息化建設工作，負責部門電子政務應用系統及安全保障系統的維護和管理；組織衛生及食品藥品監管信息資源的開發、利用和管理工作；負責部門網站維護工作。
6.應急辦公室
負責醫藥衛生、食品藥品應急體系建設工作；擬訂醫藥衛生、食品藥品應急和緊急醫療工作預案、制度和技術指南；負責突發公***衛生和食品藥品事件監測預警和風險評估工作；牽頭組織協調醫藥衛生、食品藥品突發事件的應急處置和應急醫療救護工作；對突發急性傳染病組織實施防控和應急措施，組織實施重大災害、恐怖、中毒事件及核事故等緊急醫學救援工作；負責全市重大活動的醫療衛生保障工作；發布相關應急處置信息；負責部門專門電話的管理工作，統壹受理醫藥衛生、食品藥品舉報投訴工作。
機關黨委 負責機關黨建工作。
市衛生局紀律檢查委員會 按照有關規定，負責市衛生局、市食品藥品監督管理局機關及直（下）屬單位的紀律檢查工作。 1.規劃財務處（審計處）
擬訂衛生事業發展規劃和區域衛生規劃，統籌協調衛生資源配置，負責大型醫用裝備配置管理工作；編制衛生事業經費預算、決算和公***衛生項目政府購買計劃；會同有關部門對衛生事業經費使用效能實行監管；負責醫療衛生單位收費監管工作；負責機關資產、預算內外經費會計核算、財務管理工作；負責直屬單位國有資產監管工作；指導監督直屬單位內部審計工作；配合有關部門制定藥品及醫療服務價格；牽頭組織並監督全市藥品和醫療器械招標采購工作；負責部門及下屬單位政府采購管理和基本建設規劃管理工作；負責部門及檢查指導下屬單位的安全保衛、消防管理、人民武裝和後勤管理工作。
2.疾病預防控制處（市政府血吸蟲病地方病防治領導小組辦公室）
擬訂並組織實施疾病防治規劃和嚴重危害人民健康公***衛生問題的幹預措施；完善疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情蔓延；指導全市公***衛生技術服務工作；負責組織實施免疫規劃，監督管理預防接種工作；受理和組織職業病的市級鑒定工作；負責精神衛生防治康復工作；會同市安監局、人保局等有關部門擬訂職業病防治規劃，組織制定發布全市職業衛生標準；負責監督管理職業病診斷與鑒定工作，依申請負責組織市級職業病診斷鑒定委員會進行職業病鑒定；組織開展重點職業病監測和專項調查、職業健康風險評估，研究提出職業病防治對策；負責化學品毒性鑒定、個人劑量監測、放射防護器材和含放射性產品檢測等技術服務機構的資質認定與監督管理；承擔職業健康檢查、職業病診斷醫療機構及專業人員的監督管理，規範職業病的檢查、診斷、鑒定和救治；會同相關部門加強職業病防治機構建設；負責醫療機構放射性危害控制的監督管理；負責職業病報告的管理和發布，組織開展職業病防治科學研究；組織開展職業人群健康促進工作；承擔市政府血吸蟲病地方病防治領導小組、艾滋病防治工作委員會辦公室和職業病防治工作領導小組辦公室的日常工作。
3.基層衛生與婦幼保健處（藥物政策與基本藥物制度處）
擬訂社區衛生、婦幼衛生、農村衛生的相關規劃、政策並組織實施；負責擬訂基層衛生與婦幼保健機構建設及技術服務規範、專項技術標準並組織實施；指導婦女、兒童保健業務，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作；組織影響婦幼健康重大疾病的防治工作；負責企事業單位女職工保健管理工作；參與制定新型農村合作醫療制度實施方案；指導農村基層衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實；牽頭組織協調和促進基本公***衛生服務均等化工作；組織實施藥品法典和國家基本藥物制度。
4.醫政處（中醫管理處、醫療服務監管處）
牽頭組織醫療機構改革工作；擬訂並組織實施醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範和標準；擬訂並組織實施醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；建立醫療質量安全控制評價體系，承擔醫療機構服務監管工作；組織發布醫療衛生服務供求、服務質量、技術質量和醫療執業行為等信息；牽頭組織公民無償獻血工作；負責監督管理院前急救、征兵體檢工作和血站、單采血漿站的采供血及臨床用血質量；擬訂並組織實施中醫藥事業發展規劃，管理、指導並促進中醫藥事業和中西醫結合工作協調發展；負責受理醫療事故報告；組織開展醫療事故調查和鑒定工作；負責醫療事故行政處理工作。
5.食品安全與衛生監督處
負責食品安全綜合協調工作；組織查處食品安全重大事故；組織開展食品安全風險監測、評估、預警工作，發布重大食品安全信息；擬訂食品安全地方標準和檢驗機構資質認定條件和檢驗規範，負責食品生產企業的企業產品標準初審工作；負責餐飲服務環節食品安全監督管理工作；監督實施餐飲服務環節食品安全管理規範；負責重大活動餐飲食品安全保障；開展餐飲服務環節食品安全狀況調查和監測；參與餐飲服務環節食品安全事故調查處理；負責餐飲服務環節食品安全監管有關信息的發布工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件；組織開展衛生執法稽查工作；組織實施衛生監督執法體系和隊伍建設工作；具體負責市食品安全委員會辦公室的日常工作。
6.保健處（社會醫療保障處）
擬訂並實施市幹部保健委員會確定的保健對象的保健工作計劃；組織保健對象開展體檢、休養、疾病診療等工作；指導幹部病房、門診的醫療服務工作；組織協調來錫內、外賓的醫療保健工作。參與職工醫療社會保障制度改革工作；參與定點醫療機構管理和制定職工醫療保險制度方案；負責參保病人轉診管理工作；具體負責市幹部保健委員會辦公室的日常工作。
7.市愛國衛生運動委員會辦公室（愛國衛生與健康促進處）
擬訂愛國衛生工作發展規劃及年度計劃；負責組織開展群眾性衛生監督管理和衛生檢查工作；組織開展創建國家衛生城市和農村改廁工作，負責農村生活飲用水衛生監測工作；擬訂健康教育規劃，負責健康教育與健康促進管理工作，組織開展除害防病工作；牽頭組織開展健康城市建設工作；統籌協調市愛國衛生運動委員會各成員單位的工作。