本辦法適用於中國人民解放軍和武裝警察部隊編制外的醫療機構，編制內對外開放的醫療機構必須向當地人民政府衛生行政部門備案。第三條醫療機構以拯救生命、防治疾病、服務公民健康為宗旨。
醫療機構依法從事診療活動受法律保護。第四條縣級以上地方人民政府衛生行政部門負責本行政區域內醫療機構的監督管理。第二章設置審批第五條設置醫療機構，不分類別、所有制形式、隸屬關系和服務對象，必須符合國家制定的醫療機構設置基本標準和地方人民政府制定的醫療機構設置規劃。第六條申請設置醫療機構的審批機關:
(壹)床位100張以上的綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫院、各類專科醫院、療養院、康復醫院、婦幼保健中心、急救中心(站)、檢驗科中心和專科疾病預防控制機構的設立，由自治區人民政府衛生行政部門審批。
(二)床位100張以下的綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫院、中心衛生院、療養院的設置，由縣級人民政府衛生行政部門征求行署和市級人民政府衛生行政部門意見後審批。
(三)醫院、護理站、各類門診部、診所、衛生所(站)、醫務室、保健所、村衛生室的設立，由縣級人民政府衛生行政部門審批。
銀川市和石嘴山市所轄衛生行政部門的審批權限由兩市衛生行政部門另行制定。第七條有下列情形之壹的，不得申請設置醫療機構或者在醫療機構執業:
(壹)不能獨立承擔民事責任的單位；
(二)正在服刑或者不具有完全民事行為能力的個人；
(3)在職、因病退休或停薪留職的醫務人員和鄉村醫生；
(4)發生二級以上醫療事故未滿五年的醫務人員；
(五)因違反有關法律、法規和規章被吊銷執業證書的醫務人員；
(六)被吊銷《醫療機構執業證書》的醫療機構的法定代表人或者主要負責人；
(七)被國家醫療機構開除或擅自離職的醫務人員。第八條機關、企業事業單位按照國家醫療機構標準設置的為內部人員服務的門診部、診所、衛生所(室)、醫務室、保健所，必須向所在地縣級人民政府衛生行政部門備案。第三章登記與驗證第九條醫療機構執業，必須填寫《醫療機構執業登記申請書》，並向批準其設立的衛生行政部門登記。第十條衛生行政部門應當自受理醫療機構執業註冊申請之日起45日內，依照《條例》和本辦法進行審查和實地調查。審查合格的，予以註冊並頒發《醫療機構執業許可證》；審查不合格的，應當書面通知申請人。第十壹條本辦法實施前已經獲準執業的醫療機構，應當在本辦法實施後六個月內，按照本辦法的規定重新申請註冊，取得《醫療機構執業許可證》。第十二條醫療機構停業或歇業，必須經登記管理機關批準。停業時間不超過壹年；停業壹年以上的，必須向原登記機關申請註銷登記，收繳《醫療機構執業許可證》及其復印件。第十三條經自治區人民政府衛生行政部門註冊的醫療機構，校準期為三年；縣級人民政府衛生行政部門註冊的醫療機構校準期為壹年。
醫療機構應當在校驗期滿前三個月向登記機關申請辦理校驗手續，並按照登記機關的要求提供材料。第十四條醫療機構有下列情形之壹的，登記機關應當根據情節給予六個月的暫停期；暫緩校驗期滿仍無法通過校驗的，註銷其《醫療機構執業許可證》:
(壹)不符合《醫療機構基本標準》的；
(二)限期改正；
(三)審查不合格的；
(四)其他情形。第十五條登記主管機關應當公布醫療機構的開業、遷址、名稱變更、診療科目變更、停業、歇業和校驗結果。第四章執業第十六條醫療機構必須遵守有關法律、法規、規章和醫療技術規範，建立健全醫療規章制度，嚴格執行操作規程，防範醫療事故。