2012版目錄分為化學及生物制品、中成藥、中藥飲片三部分，其中，化學及生物制品317種，中成藥203種，中成藥520種。2012版目錄具有以下特點:壹是增加了品種數量，能夠更好地服務基層醫療衛生機構，促進各級各類醫療衛生機構充分配備和優先使用基本藥物。二是優化結構，補充抗腫瘤和血液病藥物類別，註意與常見病、多發病特別是重大疾病、婦幼用藥的銜接。三是規範劑型和規格，初步實現標準化。520種藥品涉及1400的850多個劑型和規格。雖然目錄中的品種數量有所增加，但與2009年目錄中的307個品種相比，數量明顯減少，這對於指導基本藥物生產流通、招標采購、合理用藥、定價報銷和全過程監管將具有重要意義。
國家基本藥物應當是滿足基本醫療衛生需求、劑型適宜、價格合理、能夠保障供應、公眾能夠公平獲得的藥品。國家基本藥物工作委員會負責協調解決國家基本藥物制度制定和實施各環節的相關政策問題，確定國家基本藥物制度框架，確定國家基本藥物目錄遴選和調整的原則、範圍、程序和工作方案，審核國家基本藥物目錄，各有關部門在職責範圍內做好國家基本藥物遴選和調整工作。
國家基本藥物的遴選應本著防治必需、安全有效、價格合理、使用方便、中西醫並重、基本保障、臨床首選、基層可用的原則，結合我國用藥特點並參考國際經驗，合理確定品種(劑型)和數量。
《國家基本藥物目錄》主要用於通過指導藥品生產企業的生產方向，指導臨床醫生合理選擇藥品品種，保障基本藥物的市場供應。《國家基本藥物目錄》主要考慮臨床用藥的合理性和安全性，以及全社會的基本用藥水平。《國家基本藥物目錄》適用於全社會所有人群。