市衛生局是市政府主管全市衛生工作的職能部門。
主要職責是：
（壹）研究擬訂衛生事業發展規劃和衛生改革相關政策； 推進醫藥衛生體制改革；研究擬訂有關衛生行政（行業）管理的規範性文件；研究提出衛生資源配置方案，組織區域衛生規劃的編制和實施；管理和發布衛生信息。
（二）負責食品安全綜合協調，組織開展重大食品安全事故調查處理；負責制定地方食品安全標準，承擔食品安全企業標準備案工作；負責制定食品安全管理制度，組織開展食品安全監測和預警工作。
（三）組織實施國家基本藥物制度，貫徹執行國家基本藥物目錄和省基本藥物相關政策規定；會同有關部門監督管理醫療機構藥品、醫用耗材招標采購。
（四）組織編制城市社區衛生服務、漁農村衛生服務發展規劃和政策措施，指導、推進基層衛生服務體系建設。
（五）組織制定新型漁農村合作醫療政策制度，負責新型漁農村合作醫療的綜合管理。
（六）組織編制婦幼衛生發展規劃和政策措施，負責婦幼保健綜合管理和監督，組織對開展生殖健康和計劃生育技術服務的醫療保健機構進行監督、管理和指導。
（七）負責疾病預防控制工作，制定並實施疾病防治規劃與策略，對重大疾病實施防控和幹預。
（八）負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，指導實施突發公***衛生事件預防控制與應急處置。
（九）組織制定並實施中醫藥事業發展規劃，負責中醫藥 的繼承、創新及中西醫結合工作，統籌協調中西醫發展。
（十）負責衛生行政執法工作，依法負責職業衛生的監督管理；按職責分工負責放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公***場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督。
（十壹）組織擬訂公立醫院改革政策措施，指導、監督公立醫院建立科學的管理體制、運行機制和監管機制，指導、監督民營醫療機構健康規範發展。
（十二）負責醫療機構醫療服務的全行業監督管理，實施醫療機構和從業人員職業許可制度，組織制定醫療衛生職業道德規範，建立醫療機構醫療服務評價和監督體系。
（十三）制定全市醫學科研和在職教育發展規劃；組織重大醫藥衛生科研攻關項目的實施；指導推進醫學科技成果的轉化和推廣應用工作；組織開展繼續醫學教育、全科醫學教育、高等醫學職業教育工作。
（十四）組織擬訂全市衛生人才發展規劃，負責、指導衛生人才隊伍建設工作。
（十五）負責市保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作；負責來舟山的中央、省領導及其他重要來賓的醫療衛生保障工作。
（十六）負責管理市屬醫療衛生事業單位。承擔市愛國衛生運動委員會、市公***衛生工作委員會、市食品安全委員會、 市新型漁農村合作醫療工作領導小組和市無償獻血工作領導小組的日常工作。
（十七）承辦市政府交辦的其他事項。