1、辦公室：協助局領導組織協調機關日常工作；負責綜合調研，起草、報批有關綜合性、規範性文件；負責會議組織、文電處理、秘書事務、機要保密、檔案管理、衛生信息、來信來訪；負責組織局直屬單位綜合目標管理工作；負責機關安全保衛、後勤服務等工作。
2、人事科：擬定全市衛生人才培養與發展規劃，貫徹執行衛生機構編制標準、衛生人員工資福利標準，指導全市衛生事業單位人事制度改革和衛生技術職務考試、評審及資格認定工作；負責局機關和直屬單位的人事、勞動工資管理工作；指導協調衛生系統全市性表彰工作；擬定全市醫學科技、教育發展規劃，指導全市繼續醫學教育工作；組織督導重大醫學科技攻關，指導技術創新與科技成果的普及應用工作；負責政治教育和精神文明建設；開展政府及民間醫療衛生對外交流、合作與援助工作。 3、規劃財務科：擬定衛生事業發展規劃和年度計劃，監督、管理醫療收費標準；監督指導藥品集中招標采購，組織實施醫藥分開核算、分別管理制度；負責局機關財務工作，監督、指導局直屬單位財務、審計及基本建設管理工作；負責局直單位購置大型醫療設備及貸款項目的報批工作；負責衛生統計工作；負責設備管理和衛生器具計量標準的檢查工作；指導市直衛生單位後勤服務的社會化改革。
4、衛生法制與監督科：貫徹實施衛生法規、規章、標準；負責衛生行政復議和執法監督；監督管理食品、生活飲用水、職業、環境、放射、學校、化妝品衛生；貫徹執行國家關於食品、化妝品、消毒藥劑、消毒器械、壹次性使用的醫療衛生用品質量管理規範並負責認證工作；指導重大公***衛生事件的調查處理，負責重大工程項目的預防性衛生監督。
5、疾病控制科：擬定全市重大傳染病、地方病、寄生蟲病、職業病、慢性非傳染性疾病、精神衛生疾病及與公***衛生相關疾病的防治規劃、政策措施並組織實施；組織全市衛生技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、病情的蔓延；承辦市地方病防治工作領導小組的日常工作。
6、醫政科：依法管理醫療機構；監督考核醫療、護理質量；負責醫師、護士和鄉村醫生登記註冊工作，發放執業證書；負責醫院分級管理、等級評審和考核評估工作；負責老年衛生、康復醫療工作；協調處理醫療糾紛；依法監督管理血站采供血及臨床用血質量；會同有關部門進行勞動傷殘和精神病人的技術鑒定工作；組織協調醫療衛生機構對重大人員傷亡事故的傷病員實施緊急救護。
7、基層衛生與婦幼保健科：擬定農村衛生、社區衛生服務的發展規劃和服務標準，指導初級衛生保健規劃的實施；研究指導城市基層衛生服務體系的改革；貫徹執行《母嬰保健法》等法律、法規，監督母嬰保健專項技術的實施；擬定婦幼衛生和提高出生人口素質工作的發展規劃、政策措施和技術標準；負責婦幼衛生業務技術指導和質量監督檢查；協同有關部門監督、指導計劃生育技術服務工作。
8、中醫管理科：擬定並組織實施中醫、中西醫結合事業發展規劃和年度計劃；管理中醫、中西醫結合醫療機構；負責二級中醫院分級管理評審工作；指導中醫、中西醫、民族醫學和民間醫學的醫療護理、康復保健工作；負責中醫、中西醫結合執業醫師行醫資格的考核；審批管理藥膳經營活動，核發經營許可證。
9、市愛國衛生運動委員會辦公室：負責愛國衛生工作的方針、政策、法律、法規的貫徹落實；負責協調全市各有關部門、單位落實各項愛國衛生工作任務，組織開展以創建衛生城市為主要內容的群眾性愛國衛生運動，並進行監督檢查；組織開展健康教育，普及衛生科學知識，引導公民樹立良好的衛生習慣；負責城鄉社會性衛生的監督管理和衛生效果評價；負責除四害和農村衛生改水、改廁工作。
10、衛生應急辦公室：組建監測和預警系統，統壹指揮和組織協調有關突發公***衛生事件應急處理工作；制定突發公***衛生事件應急預案，組織預案培訓和演練，培訓公***衛生和醫療救助專業人員，指導各地實施突發公***衛生事件預案，幫助和指導各地應對其他經常性突發事件的傷病救治工作。